UCSC Genome Browser
El UCSC Genome Browser és un navegador genómico en llínea i descargable, estajat per l'Universitat de Califòrnia, Santa Creu (UCSC).[1][2][3] És un lloc web interactiu que oferix accés a senyes de seqüències genómicas de múltiples espècies de vertebrats i invertebrats i principals organismes modele, integrats en una àmplia colecció de seqüències anotades. El navegador és un visor gràfic optimisat per a un us ràpit i interactiu i és de còdic obert, dissenyat sobre una base de senyes MySQL per a una visualisació, examen i consulta de senyes ràpida i a varis nivells. Tota l'informació relativa a la base de senyes, ferramentes del navegador, archius descargables i bibliografia es pot trobar en el lloc web del grup de Bioinformática i Genómica de la UCSC.
Història
[editar | editar còdic]El UCSC Genome Browser va començar a funcionar en l'any 2000 com un recurs per a la distribució dels primers resultats extrets del Proyecte Genoma Humà, sent dissenyat i mantingut per l'estudiant Jim Kent i el professor de Ciències de la computació David Haussler de l'Universitat de Califòrnia, Santa Creu. Va ser fundat pel Institut Mèdic Howard Hughes i l'Institut Nacional d'Investigació del Genoma Humà (NHGRI), un dels Instituts de Salut dels EE. UU. (NIH). En els seus començos, el navegador solament mostrava la seqüència ensamblada del primer cromosoma secuenciado del genoma humà. Actualment, tant genetistas, biòlecs moleculars, meges, com a estudiants i professors accedixen a l'informació continguda en este navegador.[4]
Genomes
[editar | editar còdic]Des de la seua fundació, el navegador s'ha expandit afegint genomes de tots els vertebrats i invertebrats para els quals existix seqüències en alta cobertura,[5] incloent actualment genomes de 108 espècies . Una alta cobertura és necessària per al ensamblado de les diferents seqüències de regions contigües. Les seqüències en una menor cobertura s'inclouen com alineamientos múltiples en alguns navegadors encara que l'estat fragmentat d'estos ensamblados els torna inapropiats per a tots els navegadors genómicos. En la següent taula es mostren els organismes el genoma dels quals està disponible en el UCSC Genome Browser.[6]
Ademés d'estes 108 espècies i els seus genomes, el UCSC Genome Browser també oferix la ferramenta Assembly hubs, un conjunt de directoris en llínea en senyes genómicos que poden ser visualisats en el navegador i inclouen genomes que no estan inclosos nativamente en la base de senyes de la UCSC. Els usuaris poden pujar i anotar genomes únics, per als quals la UCSC no oferix senyes d'anotació. Es pot consultar una llista completa d'espècies i els seus genomes en el portal GenArk, incloent fins a 2 589 genomes compartits entre les bases de senyes de UCSC Genome Browser i Assembly Hubs. Un eixemple disponible en la plataforma és el Proyecte de Genomes de Vertebrats.
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ Nucleic Acids Res..39(Database issue)
- D876-82.doi:10.1093/nar/gkq963.Consultat el 23 de setembre de 2022.
- ↑ Genome Res..12(6)
- 996–1006.doi:10.1101/gr.229102.Consultat el 23 de setembre de 2022.
- ↑ Nucleic Acids Research.37(Database)
- D755–D761.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/gkn875.Consultat el 23 de setembre de 2022.
- ↑ «History | Genomics Institute» (en inglés). genomics.ucsc.edu. Consultat el 2022-08-07.
- ↑ "Alta cobertura" significa ací una cobertura 6x, en atres paraules, un número de seqüències sis voltes major que la llongitut total del genoma.
- ↑ «UCSC Genome Browser: Acknowledgments». genome.ucsc.edu. Consultat el 2022-07-27.
- Este artícul conté una traducció derivada de «UCSC Genome Browser» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.