Anar al contingut

Ribozima de cap de martell

De L'Enciclopèdia, la wikipedia en valencià
Ribozima de cap de martell
Molècula de ARN de la ribozima de cap de martell

La ribozima de cap de martell o hammerhead és un motiu de ARN que cataliza reaccions de tall i ligación reversibles en un lloc específic dins de la molècula de ARN. És un dels distints tipos de chicotets ARNs catalítics ( ribozimas ) descrits en la naturalea. Des del seu descobriment, s'ha amprat com a sistema modele per a l'investigació sobre l'estructura i les propietats de el ARN i les ribozimas en general, i s'utilisa per a experiments d'escissió dirigida de diferents ARNs, alguns dels quals tenen possibles aplicacions biotecnològiques i terapèutiques. Les ribozimas del cap de martell, cridades aixina per la semblança dels primers diagrames d'estructura secundària en un el cap d'un taburó martell, [1] es varen descobrir originalment en dos classes de ARN circulares infecciosos de plantes: els ARN satèlits i els viroides . També es coneixen ribozimas d'esta classe en algunes famílies de retrotransposones de plantes i animals, incloses les retrozimas . [2] El motiu del ribozima cap de martell s'ha reportat de manera ubiqua en linajes a lo llarc de l'arbre de la vida. [3] [4]


Les reaccions de autocorte, descrites per primera volta en 1986, [5] [6] són part d'un mecanisme de replicació de círcul rodante . La seqüència de cap de martell és suficient per a la autoescisión [7] i actua formant una estructura terciaria tridimensional conservada.

En el seu estat natural, un ARN de cap de martell és un bri de ARN de simple cadena. Encara que l'escissió es produïx en absència d'enzimes proteiques, el ARN de cap de martell en la naturalea no actua com catalisador, ya que és consumit per la reacció, és dir, realisa el autocorte una volta i no pot catalizar múltiples recanvis.

Les construccions de cap de martell actuant en trans es poden dissenyar de tal manera que consistixquen en dos cadenes de ARN que interactuen, en una cadena que compon una ribozima de cap de martell que escindix l'atra cadena. [8] La cadena que es talla es pot suministrar en excés, i es pot demostrar que l'activitat en múltiple recanvi obedix a la cinètica de Michaelis-Menten, [8]cita requerida</link> típic de la cinètica enzimàtica de proteïnes . Estos constructos s'ampren normalment per a experiments in vitro, i el terme "ARN cap de martell" s'ha convertit en la pràctica en sinònim del terme més freqüentment utilisat " ribozima cap de martell".

La seqüència mínima de ribozima de cap de martell que actua en trans i que és catalíticamente activa consta de tres brots de doble bri que flanquegen un núcleu central de 15 nucleòtits conservats essencials per a l'activitat catalítica de la ribozima. Estes construccions de ribozimas de cap de martell exhibixen in vitro una taxa de recanvi (k cat) d'aproximadament 1 molècula/minut i una Km de l'orde de 10 nanomolar.

Gràcies al seu chicotet tamany, la seua química de cort minuciosament investigada, la seua estructura cristalina coneguda i la seua rellevància biològica fan que la ribozima cap de martell siga la chicoteta ribozima millor caracterisada..


Les ribozimas de cap de martell poden aplegar a utilisar-se en el futur com a agent terapèutics, com a tant detectant seqüències de ARN definides i degradant-los, com biosensores o per a aplicacions en genómica funcional i descobriment de gens. [9]

Distribució d'espècies

 

En 1986 es varen descobrir les primeres ribozimas de cap de martell en patógenos de ARN de plantes com viroides i satèlits virals. [5] [6] Un any més vesprada, també es va detectar l'existència de ribozimas de cap de martell en el ADN satèlit dels genomes de la salamandra i salamandres. [10] Posteriorment es varen trobar nous eixemples d'estes ribozimas en els genomes de ADN d'organismes tan alluntats evolutivamente com els esquistosomas, [11] els grills de cova, [12] la planta Arabidopsis thaliana [13] i alguns mamífers com a rosegadors o el ornitorrinco. [14] En 2010, es va descobrir que les ribozimas de cap de martell es troben en realitat en una àmplia varietat de genomes que anaven des de bactèries i fagos a tot tipo d'eucariota, [15] i inclús en el propi genoma humà. [16] Informes similars varen confirmar i varen ampliar estes observacions, [17] [18] [19] revelant que la ribozima cap de martell és un ARN catalític ubic en tots els regnes de la vida. [20]


La majoria de les ribozimas de cap de martell trobades en genomes de ADN eucariótico de plantes i animals estan relacionades en un tipo de retroelementos (SINE) cridats retrozimas, i que s'expressen activament com a chicotets ARNs circulares en plantes i animals. [21] No obstant, en els genomes de tots els amniotas es pot trobar també un grup excepcional de ribozimas de cap martell sorprenentment conservats. [16] Estes ribozimas cap de martell (les cridades HH9 [22] i HH10 [23]) estan en els intrones d'uns pocs gens específics i apunten a un paper biològic preservat durant la biosíntesis de pre-ARNm. [24] En 2021 es va descobrir que nous genomes de ARN circular trobats en diversos animals, pero molt similars al virus de l'hepatitis D humà, codificaven ribozimas de cap de martell molt similars a les dels viroides i els satèlits virals de plantes. [25] Busques bioinformáticas massives d'agents tipo deltavirus varen descobrir centenars de nous genomes de ARN circular contenint tant ribozimas de cap de martell com de tipo deltavirus, lo que indica que no solament esta ribozima sino també els chicotets ARN circulares en ribozimas en general són molècules omnipresents en la biosfera. [26]

La ribozima cap de martell porta a terme una reacció química molt simple que produïx el trencament de la cadena de substrat de el ARN, específicament en la posició C17 de la ribozima, el nucleòtit del lloc d'escissió. Encara que l'escissió de el ARN a sovint es denomina hidrólisis, el mecanisme amprat en realitat no implica l'adició d'aigua . Més be, la reacció d'escissió és simplement una isomerisació que consistix en la reorganisació de l'enllaç fosfodiéster d'enllaç. És la mateixa reacció, químicament, que ocorre en la degradació de el ARN mediada per bases aleatòries, excepto que és altament específica del lloc i la velocitat s'accelera 10.000 voltes o més.

Estat de transició en llínea per a la reacció del ribozima cap de martell. Una base general (B) abstrau un protó del 2'-O, i un àcit general (A) suministra un protó al grup eixint 5'-O a mida que s'acumula càrrega negativa. El producte de reacció és un fosfat 2',3'-cíclico. Els enllaços que es trenquen (mostrats en roig) i es formen (llínees discontínues) deuen estar en posicions axials i residir aproximadament a 180° de distància, com es mostra. Els moviments d'electrons estan representats per fleches rullades.

La reacció d'escissió és una reacció de isomerisació de fosfodiéster que s'inicia per mig de l'abstracció del protó 2'-hidròxil de la ribosa del lloc d'escissió del 2'-oxigen, que després es convertix en el nucleófilo atacant en una reacció "en llínea" o similar a S N 2(P), encara que no se sap si este protó s'elimina abans o durant el pas químic de la reacció d'escissió de cap de martell. (La reacció d'escissió tècnicament no és bimolecular, pero es comporta de la mateixa manera que una reacció SN2(P); sofrix una inversió de configuració posterior a la formació d'un estat de transició que consistix en un oxifosfrano pentacoordinado). Els oxigen del grup atacant i eixint ocuparan les dos posicions axials en l'estructura d'estat de transició bipiramidal trigonal com es requerix per a un mecanisme de reacció tipo S N 2 .

El producte 5', com a resultat d'este mecanisme de reacció d'escissió, posseïx un extrem fosfat cíclico 2',3', i el producte 3' posseïx un extrem 5'-OH, com ocorre en l'escissió alcalina no enzimàtica de el ARN. Per lo tant, la reacció és reversible, ya que el fosfat escindible seguix sent un fosfodiéster i pot en principi actuar com a substrat per a la ligación mediada per el ARN cap de martell sense necessitat d'ATP o una font d'energia exógena similar. [27] La reacció catalizada pel ribozima cap de martell, a diferència de l'escissió alcalina no enzimàtica formalment idèntica de el ARN, és una reacció d'escissió altament específica de la seqüència en una taxa de recanvi típica d'aproximadament 1 molècula de substrat per molècula d'enzima per minut a pH 7,5 en 10 mm de Mg 2+ (les denominades "condicions de reacció estàndar" per a la seqüència mínima de el ARN cap de martell), depenent de la seqüència del constructo particular del ribozima cap de martell medit. Açò representa una millora de la taxa d'aproximadament 10.000 voltes sobre l'escissió no enzimàtica de el ARN.


Originalment es pensava que totes les ribozimas eren metaloenzimas . Es va assumir que els ions metàlics divalentes com a Mg 2+ tenien dos funcions: promoure el plegament adequat de el ARN i formar el núcleu catalític. [28] Com el ARN en sí no contenia suficient variació en els grups funcionals, es va pensar que els ions metàlics eixercitaven un paper en el lloc actiu, com se sabia sobre les proteïnes. El mecanisme propost per al ion Mg2+ va ser: la desprotonació del grup 2'-OH per un complex Magnesium.aigua.hidroxi unit per l'oxigen pro-R en el lloc d'escissió del fosfat, seguit per un atac nucleofílico del 2'-alcaóxido resultant sobre el fosfat escindible formant un intermig de fosfat pentacoordinado. L'últim pas és l'eixida del grup eixint 5', produint un fosfat 2',3'-cíclico en una configuració invertida. [29]

Es va assumir que els ions de magnesi hexahidratados, que existixen en equilibri en l'hidròxit de magnesi, podrien eixercitar els papers d'àcit general i base general, d'una manera anàloga als eixercitats per dos histidinas en la ARNasa A. També s'ha propost un paper adicional per als ions metàlics divalentes en forma d'estabilisació electrostàtica del estat de transició .

No és una metaloenzima

En 1998 es va descobrir [30] que la ribozima en forma de cap de martell, aixina com la ribozima VS i la ribozima en forqueta, no requerixen la presència de ions metàlics per a la catálisis, sempre que hi haja una concentració suficientment alta de catión monovalente per a permetre que el ARN es plegue. Este descobriment va sugerir que el ARN mateix, en lloc de servir com una bastida inerte i passiu per a l'unió de ions metàlics divalentes químicament actius, està íntimament involucrat en la química de la catálisis. Els últims resultats estructurals, descrits posteriorment confirmen que dos nucleòtits invariantes, G12 i G8, estan posicionats de manera consistent en els seus rols com a base general i àcit general en la reacció d'escissió del cap de martell.

Ribozima mínima

La seqüència mínima de cap de martell que es requerix per a la reacció de autocorte inclou aproximadament 13 nucleòtits "centrals" conservats o invariantes, la majoria dels quals no participen en la formació de pares de bases Watson-Crick canònics. La regió central està flanquejada pels brots I, II i III, que en general estan formats per pares de bases Watson-Crick canònics, pero que per lo demés no estan restringits sobre la seqüència. La taxa de recanvi catalític de les ribozimas mínimes de cap de martell és de 1/min (comunament s'observa un ranc de 0,1/min a 10/min, depenent de les seqüències no conservades i les llongituts dels tres brots helicoidals) en condicions de reacció estàndar d'alt Mg 2+ (10 mm), pH 7,5 i 25 °C. Gran part del treball experimental realisat sobre les ribozimas del peix martell ha utilisat una construcció mínima.

ARNs de cap de martell tipo I, tipo II i tipo III

   Estructuralment, la ribozima cap de martell està composta per tres hèlices en parells de bases, separades per enllaços curts de seqüències conservades. Estes hèlices es diuen I, II i III. Les ribozimas cap de martell es poden classificar en tres tipos segons en quina hèliç es troben els extrems 5' i 3'. Si els extrems 5' i 3' de la seqüència contribuïxen al brot I, llavors és un ribozima cap de martell tipo I, al brot II és un tipo II i al brot III llavors és una ribozima cap de martell tipo III. Dels tres tipos topològics possibles, el tipo I es pot trobar en els genomes de procariota, eucariota i en menor mida, alguns patógenos de plantes de ARN, mentres que el tipo II solament s'ha descrit en procariota [18] [19] i el tipo III es troba principalment en genomes de plantes, patógenos de RNA de plantes, animals i fongos, aixina com en procariota. [20] [24]


La ribozima cap de martell de llongitut completa consta d'elements de seqüència adicionals en els bucles dels brots I i II que permeten la formació de contactes terciaris adicionals. Les interaccions terciarias estabilisen la conformació activa de la ribozima, lo que dona com resultat taxes d'escissió fins a 1000 voltes majors que les de les seqüències de cap de martell mínimes corresponents. [31] [32]

L'estructura cristalina d'una ribozima cap de martell mínima

La ribozima de cap de martell mínima ha segut estudiada exhaustivament per bioquímics i enzimòlecs, aixina com per cristalógrafos de rajos X, espectroscopistas de RMN i atres professionals de tècniques biofísiques. La primera estructura tridimensional d'una ribozima cap de martell es va publicar en 1994 en forma d'una estructura cristalina de rajos X d'una ribozima cap de martell unida a un anàlec de substrat de ADN, publicada en Nature per Pley, Flaherty i McKay. [33] Posteriorment, Scott, Finch i Klug varen publicar una estructura mínima de ribozima de cap de martell completament de ARN en Cell a principis de 1995. [34]

La ribozima cap de martell mínima està composta per tres hèlices en parells de bases, separades per enllaços curts de seqüència conservada com es mostra en l'estructura cristalina . [34] Estes hèlices es diuen I, II i III. El gir de uridina conservat unix les hèlices I en la II, i generalment conté la seqüència CUGA. Les hèlices II i III estan unides per una seqüència GAAA. La reacció d'escissió ocorre entre les hèlices III i I, i normalment és una C.


L'estructura d'una ribozima de cap de martell de llongitut completa mostra que existixen interaccions extenses entre el bucle del brot II i el brot I. [35]


A pesar de les observacions de la catálisis de la ribozima de cap de martell en un cristal de el ARN en el que els contactes de empaquetamiento de la ret cristalina confinaven necessàriament les posicions globals dels extrems distales dels tres brots helicoidals flanqueantes, molts experiments bioquímics dissenyats per a investigar les interaccions d'estats de transició i la química de la catálisis semblaven ser irreconciliables en les estructures cristalines.


Un eixemple particularment sorprenent i observat recentment va consistir en G8 i G12, que varen ser identificats com a possibles participants en la catálisis àcit-base. Una volta que es va demostrar que el ARN de cap de martell no requerix ions metàlics divalentes per a la catálisis, gradualment es va fer evident que el ARN en sí, en lloc dels ions metàlics divalentes units pasivament, deu eixercitar un paper químic directe en qualsevol química àcit-base en el lloc actiu del ribozima cap de martell. No obstant, no estava del tot clar cóm G12 i G8 podien conseguir açò.


Potser lo més preocupant varen ser els experiments que varen sugerir que els fosfat A-9 i escindibles deuen estar a uns 4 Å u de l'atre en l'estat de transició, basant-se en experiments de doble substitució de fosforotioato i rescat de ions metàlics blans; la distància entre estos fosfat en l'estructura cristalina mínima de cap de martell era d'uns 18 Å, sense un mecanisme clar per a l'aproximació de les hèlices II i I si es tractaven com a cossos rígits. En conjunt, estos resultats semblen sugerir que deu haver tingut lloc un canvi conformacional a gran escala per a alcançar l'estat de transició dins de l'estructura mínima del ribozima cap de martell.

Per estes raons, els dos conjunts d'experiments (bioquímic vs. cristalográfico) semblaven no només estar en desacort, sino ser completament irreconciliables, generant una discòrdia en el camp. Mai es va presentar en èxit evidencia convincent per a descartar cap dels dos conjunts de resultats experimentals, fent-se moltes afirmacions en contrari i a favor de cada u d'ells.

Estructura tridimensional de la ribozima de cap de martell de llongitut completa

En 2006 es va obtindre una estructura cristalina de resolució de 2,2 Å del ribozima cap de martell de llongitut completa. Esta nova estructura (mostrada a la dreta) sembla resoldre la més preocupant de les discrepàncies prèvies. En particular, C17 ara està posicionat per a l'atac en llínea, i els residus invariantes C3, G5, G8 i G12 semblen estar involucrats en interaccions clau per a la catálisis. Ademés, s'observa que els fosfat A9 i escindibles estan separats per 4,3 Å, lo que concorda en l'idea de que, quan es modifiquen, estos fosfat podrien unir-se a un sol ion metàlic tiófilo. L'estructura també revela cóm dos residus invariantes, G-12 i G-8, es posicionen dins del lloc actiu, en consonancia con el seu paper prèviament propost en la catálisis àcit/base. G12 està dins de la distància d'enllaç d'hidrogen al 2'–O de C17, el nucleófilo en la reacció d'escissió, i la ribosa de G8 s'enllaça en l'hidrogen al grup eixint 5'-O. (vore avall), mentres que la base de nucleòtits de G8 forma un parell Watson-Crick en el invariante C3. Esta disposició sugerix que G12 és la base general en la reacció de tall de la ribozima i que G8 actuaria com l'àcit general, en consonancia con observacions bioquímiques anteriors.

D'esta manera, l'estructura cristalina del ribozima cap de martell de llongitut completa resol clarament totes les discrepàncies que semblaven irreconciliables en les estructures cristalines anteriors del ribozima cap de martell mínim.

Estructura i catálisis

El lloc actiu del ribozima cap de martell de llongitut completa. G12 està posicionat d'acort en un rol com a base general en la reacció d'escissió, i el 2'-OH de G8 està posicionat per a la catálisis àcida. Els enllaços d'hidrogen potencialment "actius" es mostren com a llínees de punts de color taronja. Es mostra que el 2'-O de C17 està alineat per a l'atac nucleofílico a lo llarc de la trayectòria de la llínea punteada blava.

Les interaccions terciarias en el ribozima cap de martell de llongitut completa estabilisen lo que sembla ser la conformació activa. El nucleófilo, l'oxigen 2' del nucleòtit del lloc d'escissió, C17, està alineat casi perfectament per a un atac en llínea (la reacció S N 2(P)). G12 està ubicat dins de la distància d'enllaç d'hidrogen d'este nucleófilo i, per lo tant, seria capaç d'abstraure un protó de l'oxigen 2' si el propi G12 es desprotona. El 2'-OH de G8 forma un enllaç d'hidrogen en l'oxigen del grup eixint 5' i, per lo tant, potencialment pot suministrar un protó a mida que s'acumula càrrega negativa en l'oxigen 5' de la ribosa de A1.1.

L'explicació més provable és llavors que G12, en la forma desprotonada, és la base general i la ribosa de G8 és l'àcit general. El pKa cinètic aparent  El pKa de la ribozima cap de martell és 8,5, mentres que el pKa de la guanosina és aproximadament 9,5. És possible que el pKa de la posició G12 s'altere de 9,5 a 8,5 en el núcleu catalític de cap de martell.

Possibles interaccions d'estats de transició extrapoladas a partir de l'estructura cristalina.

Si la G8 invariante es canvia a C8, s'elimina la catálisis de cap de martell. No obstant, un mutante doble G8C+C3G que manté el parell de bases G8-C3 que es troba en la ribozima de cap de martell de llongitut completa restaura la major part de l'activitat catalítica. També s'ha observat que la posició 2'-OH de G8 és essencial per a la catálisis, lo que sugerix que és et hidròxil és crucial per al mecanisme catalític.


Per lo tant, la reacció provablement implica l'abstracció del protó en 2' de la posició C17, seguida d'un atac nucleofílico al fosfat adjacent. A mida que l'enllaç entre el fòsfor escindible i el grup eixint 5'-O comença a trencar-se, se suministra un protó des de la ribosa de G8, que podria reprotonar a costa d'una molècula d'aigua que s'observa que s'unix a ella per mig d'un enllaç d'hidrogen en l'estructura cristalina.


Referències

  1. ↑ Forster AC, Symons RH(1987).«Self-cleavage of plus and minus RNAs of a virusoid and a structural model for the active sites».Cell.49(2): 211–220.doi:10.1016/0092-8674(87)90562-9.
  2. ↑ Cervera, Amelia; Urbina, Denisse; de la Penya, Marcos(2016).«Retrozymes llaure a unique family of senar-autonomous retrotransposons with hammerhead ribozymes that propagate in plants through circular RNAs».Genome Biology.17(1): 135.ISSN 1474-760X.doi:10.1186/s13059-016-1002-4.(en en)
  3. ↑ de la Penya, Marcos; García-Roures, Inmaculada(2010).«Ubiquitous presence of the hammerhead ribozyme motif along the tree of life».RNA.16(10): 1943–1950.ISSN 1355-8382.doi:10.1261/rna.2130310.(en en)
  4. ↑ Hammann, Christian; Luptak, Andrej; Perreault, Jonathan; de la Penya, Marcos(2012).«The ubiquitous hammerhead ribozyme».RNA.18(5): 871–885.ISSN 1355-8382.doi:10.1261/rna.031401.111.(en en)
  5. ↑ 5,0 5,1 Prody GA, Bakos JT, Buzayan JM, Schneider IR, Bruening G(1986).«Autolytic Processing of Dimeric Plant Virus Satellite RNA».Science.231(4745): 1577–1580.doi:10.1126/science.231.4745.1577.
  6. ↑ 6,0 6,1 Hutchins CJ, Rathjen PD, Forster AC, Symons RH(1986).«Self-cleavage of plus and minus RNA transcripts of avocado sunblotch viroid».Nucleic Acids Res..14(9): 3627–3640.doi:10.1093/nar/14.9.3627.
  7. ↑ Forster AC, Symons RH(1987).«Self-cleavage of virusoid RNA is performed by the proposed 55-nucleotide active site».Cell.50(1): 9–16.doi:10.1016/0092-8674(87)90657-X.
  8. ↑ 8,0 8,1 Usman, Nassim; Beigelman, Leonid; McSwiggen, James A(1996-08-01).«Hammerhead ribozyme engineering».Current Opinion in Structural Biology.6(4): 527–533.doi:10.1016/S0959-440X(96)80119-9.
  9. ↑ (2008) «The Hammerhead Ribozyme Revisited: New Biological Insights for the Development of Therapeutic Agents and for Reverse Genomics Applications», RNA and the Regulation of Gene Expression: A Hidden Layer of Complexity, Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-25-7.
  10. ↑ Epstein LM, Gall JG(1987).«Self-cleaving transcripts of satellite DNA from the newt».Cell.48(3): 535–543.doi:10.1016/0092-8674(87)90204-2.
  11. ↑ Ferbeyre G, Smith JM, Cedergren R(1998).«Schistosome satellite DNA encodes active hammerhead ribozymes».Mol. Cell. Biol..18(7): 3880–3888.doi:10.1128/MCB.18.7.3880.
  12. ↑ Rojas AA, Vazquez-Tello A, Ferbeyre G, Venanzetti F, Bachmann L, Paquin B, Sbordoni V, Cedergren R(2000).«Hammerhead-mediated processing of satellite pDo500 family transcripts from Dolichopoda cave crickets».Nucleic Acids Res.28(20): 4037–4043.doi:10.1093/nar/28.20.4037.
  13. ↑ Przybilski R, Gräf S, Lescoute A, Nellen W, Westhof I, Steger G, Hammann C(2005).«Functional hammerhead ribozymes naturally encoded in the genome of Arabidopsis thaliana».Plant Cell.17(7): 1877–1885.doi:10.1105/tpc.105.032730.
  14. ↑ Martick M, Horan LH, Noller HF, Scott WG(2008).«A discontinuous hammerhead ribozyme embedded in a mammalian messenger RNA».Nature.454(7206): 899–902.doi:10.1038/nature07117.
  15. ↑ De la Penya M, García-Roures I(2010).«Ubiquitous presence of the hammerhead ribozyme motif along the tree of life».RNA.16(10): 1943–1950.doi:10.1261/rna.2130310.
  16. ↑ 16,0 16,1 De la Penya M, García-Roures I(2010).«Intronic hammerhead ribozymes llaure ultraconserved in the human genome».EMBO Rep.11(9): 711–716.doi:10.1038/embor.2010.100.
  17. ↑ Seehafer C, Kalweit A, Steger G, Gräf S, Hammann C(2011).«From alpaca to zebrafish: hammerhead ribozymes wherever you look».RNA.17(1): 21–26.doi:10.1261/rna.2429911.
  18. ↑ 18,0 18,1 Jimenez RM, Delwart I, Lupták A(2011).«Structure-based search reveals hammerhead ribozymes in the human microbiome».J Biol Chem.286(10): 7737–7743.doi:10.1074/jbc.C110.209288.
  19. ↑ 19,0 19,1 Perreault J, Weinberg Z, Roth A, Popescu O, Chartrand P, Ferbeyre G, Breaker RR(May 2011).«Identification of hammerhead ribozymes in all domains of life reveals novell structural variations».PLOS Computational Biology.7(5): i1002031.doi:10.1371/journal.pcbi.1002031.
  20. ↑ 20,0 20,1 Hammann C, Luptak A, Perreault J, de la Penya M(2012).«The ubiquitous hammerhead ribozyme».RNA.18(5): 871–885.doi:10.1261/rna.031401.111.
  21. ↑ Cervera A, de la Penya M(2020).«Small circRNAs with self-cleaving ribozymes llaure highly expressed in diverse metazoan transcriptomes».Nucleic Acids Research.48(9): (9):5054–5064.doi:10.1093/nar/gkaa187.
  22. ↑ «Family: Hammerhead_HH9 (RF02275)». Rfam. ELIXIR. Consultat el 2024-10-24.
  23. ↑ «Family: Hammerhead_HH10 (RF02277)». Rfam. ELIXIR. Consultat el 2024-10-24.
  24. ↑ 24,0 24,1 García-Roures I, Sánchez-Navarrés J, de la Penya M(2012).«Intronic hammerhead ribozymes in mRNA biogenesis».Biol Chem.393(11): 1317–1326.doi:10.1515/hsz-2012-0223.
  25. ↑ de la Penya M, Ceprian R, Casey J, Cervera A(2021).«Hepatitis delta virus-like circular RNAs from diverse metazoans encode conserved hammerhead ribozymes».Virus Evolution.7(1): veab016.doi:10.1093/vés/veab016.
  26. ↑ Edgar RC, Taylor J, Lin V, Altman T, Barbera P, Meleshko D, Lohr D, Novakovsky G, Buchfink B, Al-Shayeb B, Banfield JF, de la Penya M, Korobeynikov A, Chikhi R, Babaian A(2022).«Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery».Nature.602(7895): 142–147.doi:10.1038/s41586-021-04332-2.
  27. ↑ Canny MD, Jucker FM, Pardi A(2007).«Efficient ligation of the Schistosoma hammerhead ribozyme».Biochemistry.46(12): 3826–3834.doi:10.1021/bi062077r.
  28. ↑ Lott, William B.; Pontius, Brian W.; von Hippel, Peter H.(1998-01-20).«A two-metal ion mechanism operates in the hammerhead ribozyme-mediated cleavage of an RNA substrate».Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.95(2): 542–547.ISSN 0027-8424.doi:10.1073/pnas.95.2.542.
  29. ↑ Birikh, K. R.; Heaton, P. A.; Eckstein, F.(1997-04-01).«The structure, function and application of the hammerhead ribozyme».European Journal of Biochemistry.245(1): 1–16.ISSN 0014-2956.doi:10.1111/j.1432-1033.1997.t01-3-00001.x.
  30. ↑ J.B. Murray; A.A. Seyhan; N.G. Walter; J.M. Burke(1998).«The hammerhead, hairpin and VS ribozymes llaure catalytically proficient in monovalent cations alone».Chem Biol.5(10): 587–595.doi:10.1016/S1074-5521(98)90116-8.
  31. ↑ Khvorova A, Lescoute A, Westhof I, Jayasena SD(2003).«Sequence elements outside the hammerhead ribozyme catalytic core enable intracellular activity».Nature Structural & Molecular Biology.10(9): 708–712.doi:10.1038/nsb959.
  32. ↑ De la Penya M; Gago S.; Flores R.(2003).«Peripheral regions of natural hammerhead ribozymes greatly increase their self-cleavage activity».EMBO J.22(20): 5561–5570.doi:10.1093/emboj/cdg530.
  33. ↑ Pley HW, Flaherty KM, McKay DB(1994).«Three-dimensional structure of a hammerhead ribozyme».Nature.372(6501): 68–74.doi:10.1038/372068a0.
  34. ↑ 34,0 34,1 Scott WG, Finch JT, Klug A(1995).«The crystal structure of an all-RNA hammerhead ribozyme: a proposed mechanism for RNA catalytic cleavage».Cell.81(7): 991–1002.doi:10.1016/S0092-8674(05)80004-2.
  35. ↑ Martick M, Scott WG(2006).«Tertiary contacts distant from the active site prime a ribozyme for catalysis».Cell.126(2): 309–320.doi:10.1016/j.cell.2006.06.036.
Obtingut de «https://lenciclopedia.org/w/index.php?title=Ribozima_de_cap_de_martell&oldid=1533657»