T-Coffee
En bioinformática, T-Coffee (de l'anglés Tree-based Consistency Objective Function For alignment Evaluation; en espanyol: funció objectiu de coherència basada en arbre per a evaluació de alineamientos) és un software per al alineamiento múltiple de seqüències, utilisant un enfocament progressiu.[1]
Este software està basat en métodos de consistència, és dir, que siga capaç de generar alineamientos múltiples que representen en la major fidelitat el alineamiento de les seqüències per parelles.[1] Genera una biblioteca de alineamientos de parells per a guiar el alineamiento múltiple de seqüències. Pot combinar, també, alineamientos múltiples obtinguts prèviament i, en les últimes versions, pot usar informació estructural d'archius PDB (3D-Coffee). Té característiques alvançades per a evaluar la calitat dels alineamientos, aixina com algunes capacitats per a identificar l'ocurrència de motius (Mocca). Per defecte, el alineamiento ho produïx en el format "aln" de Clustal, encara que també pot generar formats PIR, MSF i FASTA. Soporta formats FASTA i PIR per a senyes de partida.
Comparació en atres softwares de alineamiento
[editar | editar còdic]El format que T-Coffee denomina "Clustal" és lo prou diferent del format d'eixida de ClustalW/X com per a que molts programes que soporten el format de Clustal no puguen llegir-ho; afortunadament, ClustalX pot importar eixides de T-Coffee, per lo que una senzilla solució per a este punt en qüestió és importar l'eixida de T-Coffee en ClustalX i re-exportar-la.cita requerida
Extensions
[editar | editar còdic]- M-Coffee: un modo especial de T-Coffee que permet combinar el resultat de múltiples paquets de alineamiento múltiple de seqüències (Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons, etc.). Els alineamientos resultants són llaugerament millors que si es realisaren per separat; més important, el programa indica les regions de alineamiento a on els diferents paquets concorden. Les regions en un alt grau d'homologia normalment alineen satisfactòriament.[2]
- Expresso i 3D-Coffee: estes ferramentes permeten combinar seqüències i estructures en un alineamiento. Els alineamientos basats en estructures poden realisar-se per mig dels alineadores més comuns, tals com TMalign, Mustang i SAP.[3][4][5][6]
- R-Coffee: modo especial de T-Coffee per a alineamiento de seqüències de ARN, utilisant informació d'estructures secundàries.[7][8]
- PSI-Coffee: alineamiento de proteïnes escassament relacionades per mig d'extensió d'homologia (llent i precís).[9][10]
- TM-Coffee: alineamiento de proteïnes transmembrana per mig d'extensió d'homologia.[11]
- Pro-Coffee: alineamiento de regions homòlogues de proteïnes.[12]
- Accurate: permet combinar automàticament els modos més precisos per a ADN, ARN i proteïnes (experimental).[13]
- Combine: combina dos o més alineamientos múltiples de seqüències en un sol alineamiento.[1][9]
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ 1,0 1,1 1,2 Journal of Molecular Biology.302(1)
- 205–217.ISSN 0022-2836.doi:10.1006/jmbi.2000.4042.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Nucleic Acids Research.34(6)
- 1692–1699.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkl091.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ Nucleic Acids Research.34(Web Server issue)
- W604–608.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkl092.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ Nucleic Acids Research.33(7)
- 2302–2309.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gki524.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ Proteins.64(3)
- 559–574.ISSN 1097-0134.doi:10.1002/prot.20921.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ PloS One.7(8)
- i42887.ISSN 1932-6203.doi:10.1371/journal.posa.0042887.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ Nucleic Acids Research.36(9)
- i52.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkn174.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ Nucleic Acids Research.36(Web Server issue)
- W10–13.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkn278.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ 9,0 9,1 Nucleic Acids Research.39(Web Server issue)
- W13–17.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkr245.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).25(19)
- 2455–2465.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btp452.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ BMC bioinformatics.13 Suppl 4(Suppl 4)
- S1.ISSN 1471-2105.doi:10.1186/1471-2105-13-S4-S1.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ Nucleic Acids Research.40(7)
- i52.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkr1292.Consultat el 2023-12-26.
- ↑ «T-Coffee Server». tcoffee.crg.eu. Consultat el 2023-12-26.
- Este artícul conté una traducció derivada de «T-Coffee» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.