Protein Data Bank
Protein Data Bank (PDB) (Banc de Senyes de Proteïnes)[1] és una base de senyes de l'estructura tridimensional de les proteïnes i àcits nucleicos. Estes senyes, generalment obtinguts per mig de cristalografia de rajos X o resonància magnètica nuclear, són enviats per biòlecs i bioquímics de tot lo món. Estan baix el domini públic i poden ser usats lliurement.[2] El PDB està supervisat per una organisació anomenada Worldwide Protein Data Bank (wwPDB).
Història
[editar | editar còdic]Dos fets varen convergir per a iniciar la PBD: una colecció menuda pero creixent de conjunts de senyes d'estructura de proteïnes determinats per difracció de rajos X; i la pantalla de gràfics moleculars recentment disponible (1968), Brookhaven RAster Display (BRAD), per a visualisar estes estructures de proteïnes en 3-D. En 1969, en el patrocini de Walter Hamilton en el Laboratori Nacional de Brookhaven , Edgar Meyer ( Texas A&M University ) va començar a escriure software per a almagasenar archius de coordenades atòmiques en un format comú per a que estiguen disponibles per a l'evaluació geomètrica i gràfica. En 1971, un dels programes de Meyer, SEARCH, va permetre als investigadors accedir de forma remota a l'informació de la base de senyes per a estudiar les estructures de proteïnes sense conexió.[3] SEARCH va ser fonamental per a permetre la creació de rets, lo que va marcar el començ funcional de el PBD.
El Protein Data Bank es va anunciar en octubre de 1971 en Nature New Biology [4] com una empresa conjunta entre el Cambridge CrystallogrPBDhic Data Center , Regne Unit i el Laboratori Nacional Brookhaven, EE. UU.
Despuix de la mort d'Hamilton en 1973, Tom Koeztle va assumir la direcció de el PBD durant els següents 20 anys. En giner de 1994, Joel Sussman, de l'Institut de Ciències Weizmann d'Israel, va ser nomenat director de el PBD. En octubre de 1998,[5] el PBD es va transferir al Laboratori d'Investigació en Bioinformática Estructural (RCSB);[6] la transferència es va completar en juny de 1999. La nova directora va ser Helen M. Berman de l'Universitat de Rutgers (una de les institucions administradores de la RCSB, l'atra és el Sant Diego Supercomputer Center en UC Sant Diego ).[7] En 2003, en la formació de la wwPDB, el PBD es va convertir en una organisació internacional. Els membres fundadors són PDBe (Europa),[8] Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB PBD) (Estats Units) i PDBj (Japó). El Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB) es va incorporar en 2006.[9] Cada u dels quatre membres de wwPDB pot actuar com a centre de depòsit, processament de senyes i distribució de senyes PDB. El processament de senyes es referix al fet de que el personal de wwPDB revisa i anota cada entrada enviada. A continuació, es comprova automàticament la plausibilidad de les senyes (el còdic font d'este software de validació s'ha posat a disposició del públic de forma gratuïta).
Creiximent
[editar | editar còdic]
Quan es va fundar, el PDB contenia tan sol 7 estructures de proteïnes. Des de llavors ha experimentat un creiximent aproximadament exponencial en el número d'estructures i res sembla indicar que el ritme vaja a decaure. La base de senyes de la AP s'actualisa semanalment ( UTC +0 dimecres), junt en la seua llista d'existències. A 1 d'abril de 2020 , la PBD estava compost per:
| Método experimental |
Proteïnas | Àcits nucléicos | Proteïna/Àcits nucleicos complexos |
Uns atres | Total |
|---|---|---|---|---|---|
| Cristalografia de rajos X | 135170 | 2097 | 6945 | 4 | 144216 |
| Espectroscòpia de resonància magnètica nuclear | 11337 | 1325 | 264 | 8 | 12934 |
| Microscopía electrònica | 3475 | 35 | 1136 | 0 | 4646 |
| Híbrits | 155 | 5 | 3 | 1 | 164 |
| Atres | 286 | 4 | 6 | 13 | 309 |
| Total: | 150423 | 3466 | 8354 | 26 | 162269 |
El ritme de creiximent de el PDB ha segut analisat en profunditat en diversos estudis.[11]
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ Nucleic Acids Research.47(Database issue)
- D520–D528.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/gky949.Consultat el 2021-04-27.
- ↑ «wwPDB: Worldwide Protein Data Bank». www.wwpdb.org. Consultat el 2021-04-26.
- ↑ Protein Science.6(7)
- 1591–1597.ISSN 1469-896X.doi:10.1002/pro.5560060724.Consultat el 2021-06-24.
- ↑ Nature New Biology.233(42)
- 223–223.ISSN 2058-1092.doi:10.1038/newbio233223b0.Consultat el 2021-06-24.
- ↑ Acid Nucleic Research (ed.): «The Protein Data Bank».
- ↑ «RCSB | Research Collaboratory for Structural Bioinformatics». web.archive.org. Archivat des d'el original, el 5 de febrer de 2007. Consultat el 2021-06-24.
- ↑ «RCSB PDB: RCSB PDB Newsletter Archive» (en en-us). www.rcsb.org. Consultat el 2021-06-24.
- ↑ «PDBe home < Node < EMBL-EBI». www.ebi.ac.uk. Consultat el 2021-06-24.
- ↑ «BMRB - Biological Magnetic Resonance Bank». bmrb.io. Consultat el 2021-06-24.
- ↑ 47(D1)
- D520–D528.doi:10.1093/nar/gky949.
- ↑ «Protein Data Bank». www.ehu.eus. Consultat el 2021-04-26.
- Este artícul conté una traducció derivada de «Protein Data Bank» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.