Clustal
Clustal és una família de programes informàtics àmpliament utilisats per a realisar alineamientos múltiples de seqüències.[1]
Història
[editar | editar còdic]S'han desenrollat diferents variacions del software Clustal, els quals s'enumeren a continuació:
- Clustal: El software original per a alineamiento múltiple de seqüències, creat per Dones Higgins en 1988. Es basa en l'obtenció d'arbres filogenético a partir de parells de seqüències d'aminoàcits o nucleòtits.[2]
- ClustalV: En 1992, es va publicar la segona generació del software Clustal, sent un redisseny de la primera. Va introduir la reconstrucció d'arbres filogenético en l'últim alineamiento, la possibilitat de crear alineamiento a partir d'atres alineamientos, i l'opció de crear arbres en alineamientos per mig del método d'unió de veïns.[3]
- ClustalW: Tercera generació, la qual va ser publicada en 1994 i va millorar substancialment respecte a les anteriors versions. L'algoritme de alineamiento progressiu va millorar en diferents aspectes. Permet considerar o descartar seqüències individuals d'acort en el seu grau de similitut o divergència respectivament, en un alineamiento parcial. També permet eixecutar el programa per mòduls en un interfaç de llínea de comandos.[4]
- ClustalX: Esta versió va ser llançada en 1997 i inclou una interfaç gràfic d'usuari.[5]
- Clustal2: Esta versió, publicada en 2007, actualisa tant ClustalW com ClustalX, en major precisió i eficiència.[6]
- ClustalΩ (Omega): La versió estàndar actual, la qual es va publicar en 2011 per primera volta.[7]
Funcions
[editar | editar còdic]Entrada/Eixida
[editar | editar còdic]Este programa accepta un ampli ranc de formats d'entrada. Incloent NBRF/PIR, FASTA, EMBL/Swissprot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF i GDE.
El format d'eixida pot ser algun dels següents: Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP, GDE o NEXUS.
Alineamiento múltiple de seqüències
[editar | editar còdic]Hi ha tres etapes importants:
- Fer un alineamiento per parells
- Crear un arbre filogenético (o usar un arbre definit per l'usuari)
- Usar l'arbre filogenético per a portar a terme el alineamiento múltiple
Açò és fet automàticament quan selecciones "Do Complete Alignment" ("Fer el alineamiento complet", en espanyol). Atres opcions són "Do Alignment from guide tree" ("Fer el alienamiento en l'arbre guia") i "Produïx guide tree only" ("Només produir l'arbre guia).
Alineamientos de perfils
[editar | editar còdic]Els alineamientos de parelles són computats en un método tots contra tots i les similituts són guardades en una matriu. Esta és després convertida en una matriu de distàncies, a on la llongitut de la distància reflectix la distància evolutiva entre cada parell de seqüències.
D'esta matriu de distàncies, és creat un arbre de guia o filogenético utilisant un algoritme de clustering neighbour-joining per a determinar l'orde en que els parells de seqüències seran alineats i combinats en alineamientos previs. Les seqüències són alineades progressivament en cada punt de ramificació escomençant pels parells de seqüències més propencs.
Configuracions
[editar | editar còdic]Els usuaris poden alinear les seqüències usant les configuracions per defecte, pero ocasionalment és més útil personalisar els paràmetros. Els principals paràmetros són la penalisació per obrir buits ("gaps") i per estendre'ls.
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ Nucleic Acids Research.31(13)
- 3497–3500.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkg500.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Gene.73(1)
- 237–244.ISSN 0378-1119.doi:10.1016/0378-1119(88)90330-7.Consultat el 2023-12-29.
- ↑ Computer applications in the biosciences: CABIOS.8(2)
- 189–191.ISSN 0266-7061.doi:10.1093/bioinformatics/8.2.189.Consultat el 2023-12-29.
- ↑ Nucleic Acids Research.22(22)
- 4673–4680.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/22.22.4673.Consultat el 2023-12-29.
- ↑ Nucleic Acids Research.25(24)
- 4876–4882.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/25.24.4876.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).23(21)
- 2947–2948.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btm404.Consultat el 2023-12-29.
- ↑ Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.).1079
- 105–116.ISSN 1940-6029.doi:10.1007/978-1-62703-646-7_6.Consultat el 2023-12-29.
- Este artícul conté una traducció derivada de «Clustal» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.