BioPerl

BioPerl és un software de còdic obert dissenyat a partir de la colaboració entre bioinformáticos, biòlecs i científics de l'àrea de la computació, davant la necessitat d'analisar i resoldre problemes de la bioinformática.^[1] BioPerl és un proyecte actiu finançat per l'Open Bioinformatics Foundation, basat en mòduls de Perl en la finalitat de facilitar l'administració i manipulació d'informació relacionada en ciències de la vida .^[1] Tals mòduls són interfaços de tipos de senyes de seqüències, allineaments (BLAST, Clustal), característiques i localisacions gèniques i bases de senyes (GenBank), entre unes atres. En la finalitat d'aprofitar BioPerl, l'usuari necessita una comprensió bàsica del llenguage de programació Perl que incloga una comprensió de l'us de referències, mòduls, objectes i métodos.

La primera versió estable va ser llançada l'11 de juny de 2002; l'última estable (en térmens de l'API) és la 1.6.9, llançada en abril de 2011. També hi ha llançaments periòdics produïts per desenrolladors. La versió 1.6.0 és considerada la més estable (en térmens d'errors) i la versió de BioPerl es recomana per a l'us diari, es basa en Nightly Builds, també estable.

BioPerl ha eixercitat un paper integral en el Proyecte Genoma Humà.^[2]

Característiques

BioPerl proveïx de mòduls de software per a moltes tasques típiques de programació en bioinformática. Estes inclouen:

Accés a senyes a seqüències de ADN i d'aminoàcits de bases de senyes locals i remotes.
Transformació de formats de bases de senyes i archius de registre.
Manipulació de seqüències individuals.
Busca de seqüències similars.
Creació i manipulació d'allineaments de seqüències.
Busca de gens i atres estructures de el ADN genómico.
Desenroll d'anotacions de seqüència llegibles per màquina.

Aplicacions

Ademés de ser usat directament per usuaris finals,^[3] BioPerl també ha proveït d'una base per a una varietat de ferramentes bioinformáticas, incloent entre unes atres:

Trinity^[4]
SynBrowse^[5]
GeneComber^[6]

TFBS^[7]
MIMOX^[8]
BioParser^[9]
Disseny de cebadors degenerados^[10]
Busca en bases de senyes públiques^[11]
Current Comparative Table^[12]

Noves ferramentes i algoritmes de desenrolladors externs són en freqüència integrats directament en BioPerl:

Maneig d'arbres filogenético i tàxons anidados^[13]
Ferramentes web FPC^[14]

Referències

↑ ^1,0 ^1,1 «The Bioperl Toolkit: Perl Modules for the Life Sciences».Genome Research.doi:10.1101/gr.361602.Consultat el 4 de decembre de 2015.
↑ Lincoln D. Stein«How Perl saved the Human Genome Project».The Perl Journal.1(2)
↑ Khaja R, MacDonald J, Zhang J, Scherer S«Methods for identifying and mapping recent segmental and gene duplications in eukaryotic genomes».Methods Mol Biol.338
9–20.
↑ «Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome».Nature Biotechnology.doi:10.1038/nbt.1883.Consultat el 4 de decembre de 2015.
↑ Pa X, Stein L, Brendel V(2005).«SynBrowse: a synteny browser for comparative sequence analysis».Bioinformatics.21(17)
3461–8.doi:10.1093/bioinformatics/bti555.
↑ Shah S, McVicker G, Mackworth A, Rogic S, Ouellette B(2003).«GeneComber: combining outputs of gene prediction programs for improved results».Bioinformatics.19(10)
1296–7.doi:10.1093/bioinformatics/btg139.
↑ Lenhard B, Wasserman W(2002).«TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis».Bioinformatics.18(8)
1135–6.doi:10.1093/bioinformatics/18.8.1135.
↑ Huang J, Gutteridge A, Fonda W, Kanehisa M(2006).«MIMOX: a web tool for phage display based epitope mapping».BMC Bioinformatics.7
451.doi:10.1186/1471-2105-7-451.
↑ Catanho M, Mascarenhas D, Degrave W, de Miranda A(2006).«BioParser: a tool for processing of sequence similarity analysis reports».Appl Bioinformatics.5(1)
49–53.doi:10.2165/00822942-200605010-00007.
↑ Wei X, Kuhn D, Narasimhan G«Degenerate primer design via clustering».Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf.2
75–83.
↑ Croce O, Lamarre M, Christen R(2006).«Querying the public databases for sequences using complex keywords contained in the feature lines».BMC Bioinformatics.7
45.doi:10.1186/1471-2105-7-45.
↑ Landsteiner B, Olson M, Rutherford R(2005).«Current Comparative Table (CCT) automates customized searches of dynamic biological databases».Nucleic Acids Res.33(Web Server issue)
W770–3.doi:10.1093/nar/gki432.
↑ Llabrés M, Rocha J, Rosselló F, Valenta G(2006).«On the ancestral compatibility of two phylogenetic trees with nested taxa».J Math Biol.53(3)
340–64.doi:10.1007/s00285-006-0011-4.
↑ Pampanwar V, Engler F, Hatfield J, Blundy S, Gupta G, Soderlund C(2005).«FPC Web tools for rulle, maize, and distribution».Plant Physiol.138(1)
116–26.doi:10.1104/pp.104.056291.

Este artícul conté una traducció derivada de «BioPerl» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.

[:0-1] 1,0 ^1,1 «The Bioperl Toolkit: Perl Modules for the Life Sciences».Genome Research.doi:10.1101/gr.361602.Consultat el 4 de decembre de 2015.

[2] Lincoln D. Stein«How Perl saved the Human Genome Project».The Perl Journal.1(2)

[3] Khaja R, MacDonald J, Zhang J, Scherer S«Methods for identifying and mapping recent segmental and gene duplications in eukaryotic genomes».Methods Mol Biol.338
9–20.

[4] «Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome».Nature Biotechnology.doi:10.1038/nbt.1883.Consultat el 4 de decembre de 2015.

[5] Pa X, Stein L, Brendel V(2005).«SynBrowse: a synteny browser for comparative sequence analysis».Bioinformatics.21(17)
3461–8.doi:10.1093/bioinformatics/bti555.

[6] Shah S, McVicker G, Mackworth A, Rogic S, Ouellette B(2003).«GeneComber: combining outputs of gene prediction programs for improved results».Bioinformatics.19(10)
1296–7.doi:10.1093/bioinformatics/btg139.

[7] Lenhard B, Wasserman W(2002).«TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis».Bioinformatics.18(8)
1135–6.doi:10.1093/bioinformatics/18.8.1135.

[8] Huang J, Gutteridge A, Fonda W, Kanehisa M(2006).«MIMOX: a web tool for phage display based epitope mapping».BMC Bioinformatics.7
451.doi:10.1186/1471-2105-7-451.

[9] Catanho M, Mascarenhas D, Degrave W, de Miranda A(2006).«BioParser: a tool for processing of sequence similarity analysis reports».Appl Bioinformatics.5(1)
49–53.doi:10.2165/00822942-200605010-00007.

[10] Wei X, Kuhn D, Narasimhan G«Degenerate primer design via clustering».Proc IEEE Comput Soc Bioinform Conf.2
75–83.

[11] Croce O, Lamarre M, Christen R(2006).«Querying the public databases for sequences using complex keywords contained in the feature lines».BMC Bioinformatics.7
45.doi:10.1186/1471-2105-7-45.

[12] Landsteiner B, Olson M, Rutherford R(2005).«Current Comparative Table (CCT) automates customized searches of dynamic biological databases».Nucleic Acids Res.33(Web Server issue)
W770–3.doi:10.1093/nar/gki432.

[13] Llabrés M, Rocha J, Rosselló F, Valenta G(2006).«On the ancestral compatibility of two phylogenetic trees with nested taxa».J Math Biol.53(3)
340–64.doi:10.1007/s00285-006-0011-4.

[14] Pampanwar V, Engler F, Hatfield J, Blundy S, Gupta G, Soderlund C(2005).«FPC Web tools for rulle, maize, and distribution».Plant Physiol.138(1)
116–26.doi:10.1104/pp.104.056291.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]