De L'Enciclopèdia, la wikipedia en valencià
Esta llista de software per a alineament de seqüències és una compilació de ferramentes software i portals web usats en alineament de seqüències de parells i alineament múltiple de seqüències. Vore Anex:Software per a alineament estructural para alineament estructural de proteïnes.
| Nom
|
Descripció |
Tipo de seqüència* |
Tipo de alineamiento** |
Enllace |
Referència |
Any
|
| ACANA
|
Alineament de seqüències de ADN, dissenyada per a seqüències que compartixen regions conservades i/o alta freqüència de les llargues insercions o deleciones
|
ADN
|
Local i global
|
ACANA
|
[10]
|
2006
|
| BioconductorpairwiseAlignment
(paquet Biostrings)
|
Programació dinàmica
|
ADN i ARN
|
Local, global i solapamientos (ends-free)
|
Biostrings
|
[11]
|
2008
|
| BioPerl dpAlign
|
Programació dinàmica |
Abdós |
Abdós + Ends-free |
sitie web |
Y. M. Chan |
2003
|
| BLASTZ
|
Coincidència de patrons (seeded pattern-matching) |
Nucleòtit |
Local |
descarregar |
[12][13] |
2003
|
| DNADot
|
Ferramenta dot-plot basada en web |
Nucleòtit |
Global |
servidor |
R. Bowen |
1998
|
| DOTLET
|
Ferramenta dot-plot basada en Java |
Abdós |
Global |
Dotlet Help sitie web |
[14] |
2000
|
| GGSEARCH2SEQ,
SSEARCH2SEQ,
GLSEARCH
|
Alineament en estadístiques Global:Global (GG), Local:Local (SS), Global:Local (GL) |
Proteïna |
Global i local |
GGSEARCH2SEQ servidorSSEARCH2SEQ servidorservidor FASTA |
[7][8] |
1991
|
| JAligner
|
Implementació Java de còdic obert de Smith-Waterman |
Abdós |
Local |
JWS |
[15][16][17] |
2005
|
| LALIGN
|
Múltiple, sense solapamiento, similitut local (mateix algoritme que SIM) |
Abdós |
Local sense solapament |
LALIGN servidorLALIGN/PLALIGN servidor FASTA |
[18][8] |
1991 (algoritme)
|
| matcher
|
Needleman optimisat per a memòria, pero llenta programació dinàmica (basat en LALIGN) |
Abdós |
Local |
servidor |
I. Longden (modificat de W. Pearson) |
1999
|
| MCALIGN2
|
Models explicites d'evolució indel |
ADN |
Global |
servidor |
J. Wang et al. |
2006
|
| MUMmer
|
Basat en arbres de sufixos |
Nucleòtit |
Global |
descarregar |
S. Kurtz et al. |
2004
|
| needle
|
Programació dinàmica Needleman-Wunsch |
Abdós |
Global |
Needle servidorEBI |
[19][20][8] |
1999
|
| Ngila
|
Costs de buit (gap) logarítmics i models explícits d'evolució indel |
Abdós |
Global |
descarregar |
R. Cartwright |
2007
|
| PatternHunter
|
Concidencia de patrons (seeded pattern-matching) |
Nucleòtit |
Local |
descarregar |
[21][22] |
2002-2004
|
| ProbA (also propA)
|
Mostreig per funció de partició estocàstica via programació dinàmica |
Abdós |
Global |
descarregar |
[23] |
2002
|
| PyMOL
|
El comando "align" alinea les sequencias i ho aplica a l'estructura |
Proteïna |
Global (per selecció) |
PyMOL sitie web oficial |
[24] |
2000
|
| REPuter
|
Basat en arbres de sufixos |
Nucleòtit |
Local |
descarregar |
[25] |
2001
|
| SEQALN
|
Diferents programacions dinàmiques |
Abdós |
Local o Global |
servidor |
M.S. Waterman and P. Hardy |
1996
|
| SIM, GAP, NAP, LAP
|
Similitut local en tractaments variables dels gaps |
Abdós |
Local o global |
servidor |
X. Huang and W. Miller |
1990-6
|
| SIM
|
Similitut local |
Abdós |
Local |
servidors |
X. Huang and W. Miller |
1991
|
| SLIM Search
|
Alineament de blocs ultrarrápido |
Abdós |
Abdós |
sitie web |
L. Bloksberg |
2004
|
| stretcher
|
Optimisat per a memòria, pero llenta programació dinàmica |
Abdós |
Global |
Stretcher servidorEBI |
[26][20][8] |
1999
|
| tranalign
|
Alinea seqüències d'àcits nucléicos donat un alineament de proteïnes |
Nucleòtit |
NA |
servidor |
G. Williams (modificat de B. Pearson) |
2002
|
| water
|
Programació dinàmica Smith-Waterman |
Abdós |
Local |
Water servidor EBI |
[27][20][8] |
1999
|
| wordmatch
|
Coincidència de k-tuplas per parells |
Abdós |
NA |
Documentació |
[20] |
1998
|
| YASS
|
Coincidència de patrons (seeded pattern-matching) |
Nucleòtit |
Local |
servidor descarregar |
[28] |
2005
|
| *Tipo de seqüència: Proteïna o Nucleòtit. **Tipo de alineamiento: Local o global
|
| Nom
|
Descripció |
Tipo de seqüència* |
Tipo de alineament Type** |
Enllace |
Referència |
Any
|
| ABA
|
Alineament A-Bruijn |
Proteïna |
Global |
descarregar |
[29] |
2004
|
| ALE
|
Alineament manual; alguna assistència software |
Nucleòtits |
Local |
descarregar |
J. Blandy i K. Fogel |
1994 (última versió 2007)
|
| AMAP
|
Annealing de seqüències |
Abdós |
Global |
servidor |
[30] |
2007
|
| BAli-Phy
|
Alineamientos arbre+multi; provabilístics/bayesianos; joint estimation |
Abdós |
Global |
WWW+descarregar |
[31][32] |
2006 (última versió 2021)
|
| BoulderALE
|
Alineamiento, anotació de parells de bases Watson-Crick i no Watson-Crick, i d'estructures secundàries
|
ARN
|
Local o Global
|
BoulderALE
|
[33]
|
2011
|
| COBALT
|
Alineament basat en restriccions de múltiples seqüències de proteïnes, en anotació de dominis.
|
Proteïna
|
Local o global
|
Linux executable download
|
[34]
|
2007
|
| CodonCode Aligner
|
Multi-alineamiento; soport ClustalW i Phrap |
Nucleòtits |
Local o Global |
descarregar |
P. Richterich et al. |
2003 (última versió 2007)
|
| CHAOS/DIALIGN
|
Alineament iterativo |
Abdós |
Local (preferida) |
servidor |
[35] |
2004
|
| ClustalW
|
Alineament progressiu |
Abdós |
Local o Global |
descarregar EBI DDBJ PBIL EMBNet GenomeNet |
[36] |
1994
|
| DIALIGN-TX i DIALIGN-T
|
Método basat en segments |
Abdós |
Local (preferida) o Global |
descarregar i servidor |
[37] |
2005 (última versió 2008)
|
| ADN Baser
|
Multi-alineament |
Abdós |
Local o Global + post-procés |
ADN Baser (comercial) |
M. Gabriel |
publicat en 2005
|
| Ed'Nimbus
|
Seeded filtration |
Nucleòtits |
Local |
servidor |
[38] |
2006
|
| Geneious
|
Alineament progressiu/iterativo; plugin per a ClustalW |
Abdós |
Local o Global |
descarregar |
[39] |
2006 (última versió 2012)
|
| Kalign
|
Alineament progressiu |
Abdós |
Global |
servidorEBI MPItoolkit |
[40][41] |
2005 (versió més recent 2019)
|
| MSA
|
Programació dinàmica |
Abdós |
Local o Global |
descarregar |
[42] |
1989 (modificat 1995)
|
| PRRN/PRRP
|
Alineament iterativo (especialment refinament) |
Proteïna |
Local o Global |
PRRP PRRN |
Y. Totoki (basat en O. Gotoh) |
1991 i posteriors
|
| POA
|
Model amagat de Markov/orde parcial |
Proteïna |
Local o Global |
descarregar |
[43] |
2002
|
| SAM
|
Model amagat de Markov |
Proteïna |
Local o Global |
servidor |
[44][45] |
1994 (versió més recent 2009)
|
| MAFFT
|
Alineament progressiu/iterativo |
Abdós |
Local o Global |
GenomeNet MAFFT |
[46] |
2002
|
| MAVID
|
Alineament progressiu |
Abdós |
Global |
servidor |
[47] |
2004
|
| MULTALIN
|
Programació dinàmica/clustering |
Abdós |
Local o Global |
servidor |
[48] |
1988
|
| Multi-LAGAN
|
Alineament progressiu per programació dinàmica |
Abdós |
Global |
servidor |
[49] |
2003
|
| MUSCLE
|
Alineament progressiu/iterativo |
Abdós |
Local o Global |
servidor |
[50] |
2004
|
| ProbCons
|
Provabilístic/consistència |
Proteïna |
Local o Global |
servidor |
[51] |
2005
|
| PSAlign
|
Alineament preservant no-heurística |
Abdós |
Local o Global |
descarregar |
[52] |
2006
|
| SAGA
|
Alineament de seqüències per algoritme genètic |
Proteïna |
Local o Global |
descarregar |
[53] |
1996 (nova versió 1998)
|
| T-Coffee
|
Alineament progressiu més sensible |
Abdós |
Local o Global |
servidor |
[54] |
2000
|
| RevTrans
|
Combina ADN i alineament de proteïnes, per traducció inversa de alineament de proteïnes a ADN. |
ADN/Proteïna (especial) |
Local o Global |
servidor |
[55] |
2003 (versió més recent 2005)
|
| *Tipo de seqüència: Proteïna o nucleòtit. **Tipo de alineamiento: Local o global
|
| Nom
|
Descripció
|
Tipo de seqüència*
|
Enllaç
|
| SLAM
|
Predicció de gens, alineamiento, anotació (identificació d'homologia humà-rata) |
Nucleòtit |
servidor
|
| Mauve
|
Alineament múltiple de genomes reorganisats |
Nucleòtit |
descarregar
|
| MGA
|
Alineador múltiple de genomes |
Nucleòtit |
descarregar
|
| Mulan
|
Alineamientos múltiples locals de seqüències de tamany genómico |
Nucleòtit |
servidor
|
| Sequerome
|
Perfilat d'informació sobre alineament de seqüències recorrent als principals servidors/servicis |
Nucleòtit/péptido |
servidor
|
| AVID
|
Alineament global per parells en genomes complets |
Nucleòtit |
servidor
|
| SIBsim4 / Sim4
|
Programa dissenyat per a alinear una seqüència expressada de ADN en una seqüència genómica, permetent intrones |
Nucleòtit |
descarregar
|
| Shuffle-LAGAN
|
Alineament glocal de parells de regions de genoma completes |
Nucleòtit |
servidor
|
| ACT (Artemis Comparison Tool)
|
Sintenía i genómica comparativa
|
Nucleòtit
|
servidor
|
| *Tipo de seqüència: Proteïna o nucleòtit
|
| Nom
|
Descripció |
Tipo de seqüència* |
Enllace
|
Referència
|
Any
|
| BLOCKS
|
Identificació de motius sense buits en la base de senyes BLOCKS |
Abdós |
servidor
|
|
|
| DREME
|
Identificació ab initio de motius de llocs d'unió de factors de transcripció a el ADN en eucariota. Dissenyat per a senyes de ChIP-Seq. Obsolet des de 2021; substituït per STREME
|
ADN
|
servidor
|
[56]
|
2011
|
| eMOTIF
|
Extracció i identificació de motius curts |
Abdós |
servidors
|
|
|
| Gibbs motif sampler
|
Extracció estocàstica de motius per provabilitat estadística |
Abdós |
servidor (una de vàries implementacions)
|
[57][58]
|
1995 (última versió 2003)
|
| I-sites
|
Biblioteca de motius estructurals locals |
Proteïna |
servidor
|
|
|
| MAST
|
Busca i descobriment de motius per mig de la busca de coincidències entre una seqüència i un conjunt de motius coneguts
|
Abdós
|
servidor
|
[59]
|
1998
|
| MEME
|
Busca i descobriment de motius |
Abdós |
servidor
|
[60][61]
|
1995
|
| PHI-Blast
|
Busca de motius i ferramenta de alineament |
Abdós |
servidor
|
|
|
| PRATT
|
Generació de patrons per a usar en ScanProsite |
Proteïna |
servidor
|
[62][63]
|
1995 (última versió 1997)
|
| ScanProsite
|
Ferramenta de busca de motius en base de senyes |
Proteïna |
servidor
|
[64]
|
2006
|
| STREME
|
Identificació ab initio de motius
|
Abdós
|
servidor
|
[65]
|
2021
|
| TEIRESIAS
|
Extracció de motius i busca en base de senyes |
Abdós |
servidor
|
[66]
|
1998
|
| *Tipo de seqüència: Proteïna o nucleòtit
|
|
|
| Nom
|
Enllaç
|
Autors
|
| BAliBASE
|
descarregar
|
Thompson, Plewniak, Poch
|
| HOMSTRAD
|
descarregar
|
Stebbings, Mizuguchi
|
| Oxbench
|
descarregar
|
Raghava, Searle, Audley, Barber, Barton
|
| PFAM
|
descarregar
|
|
| PREFAB
|
descarregar
|
Edgar
|
| SABmark
|
descarregar
|
Van Walle, Lasters, Wyns
|
| SMART
|
descarregar
|
Letunic, Copley, Schmidt, Ciccarelli, Doerks, Schultz, Ponting, Bork
|
Jalview és un visualisador de alineamientos múltiples de seqüències, que s'usa per a integrar els resultats d'una predicció d'estructura secundària via el servidor web JPred, en un alineament múltiple de seqüències donat com a entrada o derivat durant l'eixecució de l'algoritme.
- ↑ Journal of Molecular Biology.215(3)
- 403–410.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2.Consultat el 2023-07-09.
- ↑ Science (New York, N.Y.).227(4693)
- 1435–1441.ISSN 0036-8075.doi:10.1126/science.2983426.Consultat el 2023-07-09.
- ↑ Durbin, R.; Eddy, {{{nom2}}}; Krogh, {{{nom3}}}; Mitchison, {{{nom4}}} (1998). Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids (PDFPDF) (en anglés), Cambridge, Regne Unit: Cambridge University Press. ISBN 978-0-521-62971-3.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).14(9)
- 755–763.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/14.9.755.Consultat el 2023-07-13.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).25(10)
- 1335–1337.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btp157.Consultat el 2023-07-13.
- ↑ Proteins.Suppl 3
- 121–125.ISSN 0887-3585.doi:10.1002/(sici)1097-0134(1999)37:3+<121::aid-prot16>3.3.co;2-h.Consultat el 2023-07-13.
- ↑ 7,0 7,1 Genomics.11(3)
- 635–650.ISSN 0888-7543.doi:10.1016/0888-7543(91)90071-l.Consultat el 2023-09-24.
- ↑ 8,0 8,1 8,2 8,3 8,4 8,5 Nucleic acids research.50(W1)
- W276–W279.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkac240.Consultat el 2023-09-24.
- ↑ Concurrency and Computation: Practice and Experience.27(18)
- 5517–5537.doi:10.1002/cpe.3598.Consultat el 2023-07-09.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).22(1)
- 29–34.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/bti772.Consultat el 2023-09-17.
- ↑ «Biostrings - Efficient manipulation of biological strings. Version: Release (2.68.1)». Bioconductor.
- ↑ Genome Research.13(1)
- 103–107.ISSN 1088-9051.doi:10.1101/gr.809403.Consultat el 2023-09-16.
- ↑ Harris, Robert S. (2007). Improved Pairwise Alignmnet of Genomic DNA (Thesis) (PDFPDF) (en Anglés), Pennsilvania State University, College of Engineering.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).16(2)
- 178–179.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/16.2.178.Consultat el 2023-10-24.
- ↑ Journal of Molecular Biology.147(1)
- 195–197.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/0022-2836(81)90087-5.Consultat el 2023-09-24.
- ↑ Journal of Molecular Biology.162(3)
- 705–708.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/0022-2836(82)90398-9.Consultat el 2023-09-24.
- ↑ Ahmed Moustafa. «JAligner: Java Implementation of the Smith-Waterman Algorithm for Biological Sequence Alignment». SourceForge. Consultat el 24 de setembre de 2023.
- ↑ Genomics.11(3)
- 635–650.ISSN 0888-7543.doi:10.1016/0888-7543(91)90071-l.Consultat el 2023-09-24.
- ↑ Journal of Molecular Biology.48(3)
- 443–453.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/0022-2836(70)90057-4.Consultat el 2023-09-24.
- ↑ 20,0 20,1 20,2 20,3 Trends in Genetics.16(6)
- 276–277.ISSN 0168-9525.doi:10.1016/s0168-9525(00)02024-2.Consultat el 2023-09-24.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).18(3)
- 440–445.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/18.3.440.Consultat el 2023-09-16.
- ↑ Journal of Bioinformatics and Computational Biology.2(3)
- 417–439.ISSN 0219-7200.doi:10.1142/s0219720004000661.Consultat el 2023-09-16.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).18 Suppl 2
- S153–160.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_2.s153.Consultat el 2023-09-16.
- ↑ Schrödinger LLC & DeLano W.. «PyMOL by Schrödinger». Consultat el 24 de setembre de 2023.
- ↑ Nucleic Acids Research.29(22)
- 4633–4642.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/29.22.4633.Consultat el 2023-09-16.
- ↑ Computer applications in the biosciences.4(1)
- 11–17.ISSN 0266-7061.doi:10.1093/bioinformatics/4.1.11.Consultat el 2023-09-24.
- ↑ Journal of molecular biology.147(1)
- 195–197.ISSN 1089-8638.doi:10.1016/0022-2836(81)90087-5.Consultat el 2023-09-24.
- ↑ Nucleic Acids Research.33(Web Server issue)
- W540–543.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gki478.Consultat el 2023-09-16.
- ↑ Genome Research.14(11)
- 2336–2346.ISSN 1088-9051.doi:10.1101/gr.2657504.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).23(2)
- i24–29.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btl311.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).22(16)
- 2047–2048.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btl175.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).37(18)
- 3032–3034.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btab129.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).27(12)
- 1706–1707.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btr258.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).23(9)
- 1073–1079.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btm076.Consultat el 2023-07-21.
- ↑ Nucleic Acids Research.32(Web Server issue)
- W41–44.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkh361.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Nucleic Acids Research.22(22)
- 4673–4680.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/22.22.4673.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Subramanian, Amarendran Ramaswami (2009). Segment-based Multiple Sequence Alignment (Doctoral thesis) (PDFPDF) (en alemà), Eberhard-Karls-Universität Tübingen.
- ↑ Peterlongo, Pierre (2006). DNA sequence filtration for the problem of finding long multiple repetitions (Doctoral thesis) (PDFPDF) (en francés), Université de Marne-la-Vallée.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).28(12)
- 1647–1649.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/bts199.Consultat el 2023-07-21.
- ↑ BMC bioinformatics.6
- 298.ISSN 1471-2105.doi:10.1186/1471-2105-6-298.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).36(6)
- 1928–1929.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btz795.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.86(12)
- 4412–4415.ISSN 0027-8424.doi:10.1073/pnas.86.12.4412.Consultat el 2023-07-21.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).18(3)
- 452–464.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/18.3.452.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Proteins.Suppl 3
- 121–125.ISSN 0887-3585.doi:10.1002/(sici)1097-0134(1999)37:3+<121::aid-prot16>3.3.co;2-h.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Nucleic Acids Research.37(Web Server issue)
- W492–497.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkp403.Consultat el 2023-07-14.
- ↑ Nucleic Acids Research.30(14)
- 3059–3066.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkf436.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Genome Research.14(4)
- 693–699.ISSN 1088-9051.doi:10.1101/gr.1960404.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Nucleic Acids Research.16(22)
- 10881–10890.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/16.22.10881.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Genome Research.13(4)
- 721–731.ISSN 1088-9051.doi:10.1101/gr.926603.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Nucleic Acids Research.32(5)
- 1792–1797.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkh340.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Genome Research.15(2)
- 330–340.ISSN 1088-9051.doi:10.1101/gr.2821705.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Journal of Computational Biology: A Journal of Computational Molecular Cell Biology.13(2)
- 309–319.ISSN 1066-5277.doi:10.1089/cmb.2006.13.309.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Nucleic Acids Research.24(8)
- 1515–1524.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/24.8.1515.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Journal of Molecular Biology.302(1)
- 205–217.ISSN 0022-2836.doi:10.1006/jmbi.2000.4042.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Nucleic Acids Research.31(13)
- 3537–3539.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkg609.Consultat el 2023-07-15.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).27(12)
- 1653–1659.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btr261.Consultat el 2023-07-21.
- ↑ Protein Science: A Publication of the Protein Society.4(8)
- 1618–1632.ISSN 0961-8368.doi:10.1002/pro.5560040820.Consultat el 2023-07-24.
- ↑ Nucleic Acids Research.31(13)
- 3580–3585.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkg608.Consultat el 2023-07-24.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).14(1)
- 48–54.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/14.1.48.Consultat el 2023-07-21.
- ↑ Proceedings. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology.2
- 28–36.ISSN 1553-0833.Consultat el 2023-07-21.
- ↑ Machine Learning.21(1)
- 51–80.ISSN 1573-0565.doi:10.1007/BF00993379.Consultat el 2023-07-21.
- ↑ Protein Science: A Publication of the Protein Society.4(8)
- 1587–1595.ISSN 0961-8368.doi:10.1002/pro.5560040817.Consultat el 2023-07-24.
- ↑ Bioinformatics.13(5)
- 509–522.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/13.5.509.Consultat el 2023-07-24.
- ↑ Nucleic Acids Research.34(Web Server issue)
- W362–365.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkl124.Consultat el 2023-07-24.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).37(18)
- 2834–2840.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btab203.Consultat el 2023-07-21.
- ↑ Bioinformatics (Oxford, England).14(1)
- 55–67.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/14.1.55.Consultat el 2023-07-21.
- Pollard et al. (2004) (Text complet lliure de PubMed Central): els autors discutixen LAGAN, CHAOS, i Dialign com les més efectives ferramentes comprovades per a determinats usos.