Anar al contingut

Anex:Software per a alineamiento de seqüències

De L'Enciclopèdia, la wikipedia en valencià

Esta llista de software per a alineament de seqüències és una compilació de ferramentes software i portals web usats en alineament de seqüències de parells i alineament múltiple de seqüències. Vore Anex:Software per a alineament estructural para alineament estructural de proteïnes.

Només busques en bases de senyes

[editar | editar còdic]
Nom Descripció Tipo de seqüència* Enllace Referència Any
BLAST Busca local de k-tuplas (Basic Local Alignment Search Tool) Abdós NCBI EBI DDBJ DDBJ (psi-blast) GenomeNet PIR (Només proteïnes) [1] 1990
Extensió combinatòria Busca de alineament estructural Proteïna servidor
FASTA Busca local de k-tuplas Abdós EBI DDBJ GenomeNet PIR (Només proteïnes) [2] 1985
GGSEARCH / GLSEARCH Alineament en estadística Global:Global (GG), Global:Local (GL) Proteïna servidor FASTA
HMMER Busca de perfils amagats de Markov Proteïna/ADN Descarregar DDBJ (HMMPFAM) [3][4] 1998
IDF Inverse Document Frequency Abdós Descarregar
Infernal Busca SCFG de perfil ARN Descarregar [5] 2009
SAM Busca de perfils amagats de Markov Proteïna/ADN SAM [6] 1999
SSEARCH2SEQ Busca Smith-Waterman (més sensible que FASTA) Abdós SSEARCH2SEQ servidor [7][8] 1991
SWIMM Busca Smith-Waterman en arquitectura multicore i manycore d'Intel Proteïna Descarregar [9] 2015
*Tipo de seqüència: Proteïna o nucleòtit

Alineament de parells de seqüències

[editar | editar còdic]
Nom Descripció Tipo de seqüència* Tipo de alineamiento** Enllace Referència Any
ACANA Alineament de seqüències de ADN, dissenyada per a seqüències que compartixen regions conservades i/o alta freqüència de les llargues insercions o deleciones ADN Local i global ACANA [10] 2006
BioconductorpairwiseAlignment

(paquet Biostrings)

Programació dinàmica ADN i ARN Local, global i solapamientos (ends-free) Biostrings [11] 2008
BioPerl dpAlign Programació dinàmica Abdós Abdós + Ends-free sitie web Y. M. Chan 2003
BLASTZ Coincidència de patrons (seeded pattern-matching) Nucleòtit Local descarregar [12][13] 2003
DNADot Ferramenta dot-plot basada en web Nucleòtit Global servidor R. Bowen 1998
DOTLET Ferramenta dot-plot basada en Java Abdós Global Dotlet Help sitie web [14] 2000
GGSEARCH2SEQ,

SSEARCH2SEQ, GLSEARCH

Alineament en estadístiques Global:Global (GG), Local:Local (SS), Global:Local (GL) Proteïna Global i local GGSEARCH2SEQ servidorSSEARCH2SEQ servidorservidor FASTA [7][8] 1991
JAligner Implementació Java de còdic obert de Smith-Waterman Abdós Local JWS [15][16][17] 2005
LALIGN Múltiple, sense solapamiento, similitut local (mateix algoritme que SIM) Abdós Local sense solapament LALIGN servidorLALIGN/PLALIGN servidor FASTA [18][8] 1991 (algoritme)
matcher Needleman optimisat per a memòria, pero llenta programació dinàmica (basat en LALIGN) Abdós Local servidor I. Longden (modificat de W. Pearson) 1999
MCALIGN2 Models explicites d'evolució indel ADN Global servidor J. Wang et al. 2006
MUMmer Basat en arbres de sufixos Nucleòtit Global descarregar S. Kurtz et al. 2004
needle Programació dinàmica Needleman-Wunsch Abdós Global Needle servidorEBI [19][20][8] 1999
Ngila Costs de buit (gap) logarítmics i models explícits d'evolució indel Abdós Global descarregar R. Cartwright 2007
PatternHunter Concidencia de patrons (seeded pattern-matching) Nucleòtit Local descarregar [21][22] 2002-2004
ProbA (also propA) Mostreig per funció de partició estocàstica via programació dinàmica Abdós Global descarregar [23] 2002
PyMOL El comando "align" alinea les sequencias i ho aplica a l'estructura Proteïna Global (per selecció) PyMOL sitie web oficial [24] 2000
REPuter Basat en arbres de sufixos Nucleòtit Local descarregar [25] 2001
SEQALN Diferents programacions dinàmiques Abdós Local o Global servidor M.S. Waterman and P. Hardy 1996
SIM, GAP, NAP, LAP Similitut local en tractaments variables dels gaps Abdós Local o global servidor X. Huang and W. Miller 1990-6
SIM Similitut local Abdós Local servidors X. Huang and W. Miller 1991
SLIM Search Alineament de blocs ultrarrápido Abdós Abdós sitie web L. Bloksberg 2004
stretcher Optimisat per a memòria, pero llenta programació dinàmica Abdós Global Stretcher servidorEBI [26][20][8] 1999
tranalign Alinea seqüències d'àcits nucléicos donat un alineament de proteïnes Nucleòtit NA servidor G. Williams (modificat de B. Pearson) 2002
water Programació dinàmica Smith-Waterman Abdós Local Water servidor EBI [27][20][8] 1999
wordmatch Coincidència de k-tuplas per parells Abdós NA Documentació [20] 1998
YASS Coincidència de patrons (seeded pattern-matching) Nucleòtit Local servidor descarregar [28] 2005
*Tipo de seqüència: Proteïna o Nucleòtit. **Tipo de alineamiento: Local o global

Alineament múltiple de seqüències

[editar | editar còdic]
Nom Descripció Tipo de seqüència* Tipo de alineament Type** Enllace Referència Any
ABA Alineament A-Bruijn Proteïna Global descarregar [29] 2004
ALE Alineament manual; alguna assistència software Nucleòtits Local descarregar J. Blandy i K. Fogel 1994 (última versió 2007)
AMAP Annealing de seqüències Abdós Global servidor [30] 2007
BAli-Phy Alineamientos arbre+multi; provabilístics/bayesianos; joint estimation Abdós Global WWW+descarregar [31][32] 2006 (última versió 2021)
BoulderALE Alineamiento, anotació de parells de bases Watson-Crick i no Watson-Crick, i d'estructures secundàries ARN Local o Global BoulderALE [33] 2011
COBALT Alineament basat en restriccions de múltiples seqüències de proteïnes, en anotació de dominis. Proteïna Local o global Linux executable download [34] 2007
CodonCode Aligner Multi-alineamiento; soport ClustalW i Phrap Nucleòtits Local o Global descarregar P. Richterich et al. 2003 (última versió 2007)
CHAOS/DIALIGN Alineament iterativo Abdós Local (preferida) servidor [35] 2004
ClustalW Alineament progressiu Abdós Local o Global descarregar EBI DDBJ PBIL EMBNet GenomeNet [36] 1994
DIALIGN-TX i DIALIGN-T Método basat en segments Abdós Local (preferida) o Global descarregar i servidor [37] 2005 (última versió 2008)
ADN Baser Multi-alineament Abdós Local o Global + post-procés ADN Baser (comercial) M. Gabriel publicat en 2005
Ed'Nimbus Seeded filtration Nucleòtits Local servidor [38] 2006
Geneious Alineament progressiu/iterativo; plugin per a ClustalW Abdós Local o Global descarregar [39] 2006 (última versió 2012)
Kalign Alineament progressiu Abdós Global servidorEBI MPItoolkit [40][41] 2005 (versió més recent 2019)
MSA Programació dinàmica Abdós Local o Global descarregar [42] 1989 (modificat 1995)
PRRN/PRRP Alineament iterativo (especialment refinament) Proteïna Local o Global PRRP PRRN Y. Totoki (basat en O. Gotoh) 1991 i posteriors
POA Model amagat de Markov/orde parcial Proteïna Local o Global descarregar [43] 2002
SAM Model amagat de Markov Proteïna Local o Global servidor [44][45] 1994 (versió més recent 2009)
MAFFT Alineament progressiu/iterativo Abdós Local o Global GenomeNet MAFFT [46] 2002
MAVID Alineament progressiu Abdós Global servidor [47] 2004
MULTALIN Programació dinàmica/clustering Abdós Local o Global servidor [48] 1988
Multi-LAGAN Alineament progressiu per programació dinàmica Abdós Global servidor [49] 2003
MUSCLE Alineament progressiu/iterativo Abdós Local o Global servidor [50] 2004
ProbCons Provabilístic/consistència Proteïna Local o Global servidor [51] 2005
PSAlign Alineament preservant no-heurística Abdós Local o Global descarregar [52] 2006
SAGA Alineament de seqüències per algoritme genètic Proteïna Local o Global descarregar [53] 1996 (nova versió 1998)
T-Coffee Alineament progressiu més sensible Abdós Local o Global servidor [54] 2000
RevTrans Combina ADN i alineament de proteïnes, per traducció inversa de alineament de proteïnes a ADN. ADN/Proteïna (especial) Local o Global servidor [55] 2003 (versió més recent 2005)
*Tipo de seqüència: Proteïna o nucleòtit. **Tipo de alineamiento: Local o global

Anàlisis genómico

[editar | editar còdic]
Nom Descripció Tipo de seqüència* Enllaç
SLAM Predicció de gens, alineamiento, anotació (identificació d'homologia humà-rata) Nucleòtit servidor
Mauve Alineament múltiple de genomes reorganisats Nucleòtit descarregar
MGA Alineador múltiple de genomes Nucleòtit descarregar
Mulan Alineamientos múltiples locals de seqüències de tamany genómico Nucleòtit servidor
Sequerome Perfilat d'informació sobre alineament de seqüències recorrent als principals servidors/servicis Nucleòtit/péptido servidor
AVID Alineament global per parells en genomes complets Nucleòtit servidor
SIBsim4 / Sim4 Programa dissenyat per a alinear una seqüència expressada de ADN en una seqüència genómica, permetent intrones Nucleòtit descarregar
Shuffle-LAGAN Alineament glocal de parells de regions de genoma completes Nucleòtit servidor
ACT (Artemis Comparison Tool) Sintenía i genómica comparativa Nucleòtit servidor
*Tipo de seqüència: Proteïna o nucleòtit

Predicció de motius

[editar | editar còdic]
Nom Descripció Tipo de seqüència* Enllace Referència Any
BLOCKS Identificació de motius sense buits en la base de senyes BLOCKS Abdós servidor
DREME Identificació ab initio de motius de llocs d'unió de factors de transcripció a el ADN en eucariota. Dissenyat per a senyes de ChIP-Seq. Obsolet des de 2021; substituït per STREME ADN servidor [56] 2011
eMOTIF Extracció i identificació de motius curts Abdós servidors
Gibbs motif sampler Extracció estocàstica de motius per provabilitat estadística Abdós servidor (una de vàries implementacions) [57][58] 1995 (última versió 2003)
I-sites Biblioteca de motius estructurals locals Proteïna servidor
MAST Busca i descobriment de motius per mig de la busca de coincidències entre una seqüència i un conjunt de motius coneguts Abdós servidor [59] 1998
MEME Busca i descobriment de motius Abdós servidor [60][61] 1995
PHI-Blast Busca de motius i ferramenta de alineament Abdós servidor
PRATT Generació de patrons per a usar en ScanProsite Proteïna servidor [62][63] 1995 (última versió 1997)
ScanProsite Ferramenta de busca de motius en base de senyes Proteïna servidor [64] 2006
STREME Identificació ab initio de motius Abdós servidor [65] 2021
TEIRESIAS Extracció de motius i busca en base de senyes Abdós servidor [66] 1998
*Tipo de seqüència: Proteïna o nucleòtit

Benchmarking

[editar | editar còdic]
Nom Enllaç Autors
BAliBASE descarregar Thompson, Plewniak, Poch
HOMSTRAD descarregar Stebbings, Mizuguchi
Oxbench descarregar Raghava, Searle, Audley, Barber, Barton
PFAM descarregar
PREFAB descarregar Edgar
SABmark descarregar Van Walle, Lasters, Wyns
SMART descarregar Letunic, Copley, Schmidt, Ciccarelli, Doerks, Schultz, Ponting, Bork

Visualisadors

[editar | editar còdic]

Jalview és un visualisador de alineamientos múltiples de seqüències, que s'usa per a integrar els resultats d'una predicció d'estructura secundària via el servidor web JPred, en un alineament múltiple de seqüències donat com a entrada o derivat durant l'eixecució de l'algoritme.

Referències

[editar | editar còdic]
  1. Journal of Molecular Biology.215(3)
    403–410.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/S0022-2836(05)80360-2.Consultat el 2023-07-09.
  2. Science (New York, N.Y.).227(4693)
    1435–1441.ISSN 0036-8075.doi:10.1126/science.2983426.Consultat el 2023-07-09.
  3. Durbin, R.; Eddy, {{{nom2}}}; Krogh, {{{nom3}}}; Mitchison, {{{nom4}}} (1998). Biological sequence analysis: probabilistic models of proteins and nucleic acids (PDFPDF) (en anglés), Cambridge, Regne Unit: Cambridge University Press. ISBN 978-0-521-62971-3.
  4. Bioinformatics (Oxford, England).14(9)
    755–763.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/14.9.755.Consultat el 2023-07-13.
  5. Bioinformatics (Oxford, England).25(10)
    1335–1337.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btp157.Consultat el 2023-07-13.
  6. Proteins.Suppl 3
    121–125.ISSN 0887-3585.doi:10.1002/(sici)1097-0134(1999)37:3+<121::aid-prot16>3.3.co;2-h.Consultat el 2023-07-13.
  7. 7,0 7,1 Genomics.11(3)
    635–650.ISSN 0888-7543.doi:10.1016/0888-7543(91)90071-l.Consultat el 2023-09-24.
  8. 8,0 8,1 8,2 8,3 8,4 8,5 Nucleic acids research.50(W1)
    W276–W279.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkac240.Consultat el 2023-09-24.
  9. Concurrency and Computation: Practice and Experience.27(18)
    5517–5537.doi:10.1002/cpe.3598.Consultat el 2023-07-09.
  10. Bioinformatics (Oxford, England).22(1)
    29–34.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/bti772.Consultat el 2023-09-17.
  11. «Biostrings - Efficient manipulation of biological strings. Version: Release (2.68.1)». Bioconductor.
  12. Genome Research.13(1)
    103–107.ISSN 1088-9051.doi:10.1101/gr.809403.Consultat el 2023-09-16.
  13. Harris, Robert S. (2007). Improved Pairwise Alignmnet of Genomic DNA (Thesis) (PDFPDF) (en Anglés), Pennsilvania State University, College of Engineering.
  14. Bioinformatics (Oxford, England).16(2)
    178–179.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/16.2.178.Consultat el 2023-10-24.
  15. Journal of Molecular Biology.147(1)
    195–197.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/0022-2836(81)90087-5.Consultat el 2023-09-24.
  16. Journal of Molecular Biology.162(3)
    705–708.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/0022-2836(82)90398-9.Consultat el 2023-09-24.
  17. Ahmed Moustafa. «JAligner: Java Implementation of the Smith-Waterman Algorithm for Biological Sequence Alignment». SourceForge. Consultat el 24 de setembre de 2023.
  18. Genomics.11(3)
    635–650.ISSN 0888-7543.doi:10.1016/0888-7543(91)90071-l.Consultat el 2023-09-24.
  19. Journal of Molecular Biology.48(3)
    443–453.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/0022-2836(70)90057-4.Consultat el 2023-09-24.
  20. 20,0 20,1 20,2 20,3 Trends in Genetics.16(6)
    276–277.ISSN 0168-9525.doi:10.1016/s0168-9525(00)02024-2.Consultat el 2023-09-24.
  21. Bioinformatics (Oxford, England).18(3)
    440–445.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/18.3.440.Consultat el 2023-09-16.
  22. Journal of Bioinformatics and Computational Biology.2(3)
    417–439.ISSN 0219-7200.doi:10.1142/s0219720004000661.Consultat el 2023-09-16.
  23. Bioinformatics (Oxford, England).18 Suppl 2
    S153–160.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/18.suppl_2.s153.Consultat el 2023-09-16.
  24. Schrödinger LLC & DeLano W.. «PyMOL by Schrödinger». Consultat el 24 de setembre de 2023.
  25. Nucleic Acids Research.29(22)
    4633–4642.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/29.22.4633.Consultat el 2023-09-16.
  26. Computer applications in the biosciences.4(1)
    11–17.ISSN 0266-7061.doi:10.1093/bioinformatics/4.1.11.Consultat el 2023-09-24.
  27. Journal of molecular biology.147(1)
    195–197.ISSN 1089-8638.doi:10.1016/0022-2836(81)90087-5.Consultat el 2023-09-24.
  28. Nucleic Acids Research.33(Web Server issue)
    W540–543.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gki478.Consultat el 2023-09-16.
  29. Genome Research.14(11)
    2336–2346.ISSN 1088-9051.doi:10.1101/gr.2657504.Consultat el 2023-07-14.
  30. Bioinformatics (Oxford, England).23(2)
    i24–29.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btl311.Consultat el 2023-07-14.
  31. Bioinformatics (Oxford, England).22(16)
    2047–2048.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btl175.Consultat el 2023-07-14.
  32. Bioinformatics (Oxford, England).37(18)
    3032–3034.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btab129.Consultat el 2023-07-14.
  33. Bioinformatics (Oxford, England).27(12)
    1706–1707.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btr258.Consultat el 2023-07-14.
  34. Bioinformatics (Oxford, England).23(9)
    1073–1079.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btm076.Consultat el 2023-07-21.
  35. Nucleic Acids Research.32(Web Server issue)
    W41–44.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkh361.Consultat el 2023-07-14.
  36. Nucleic Acids Research.22(22)
    4673–4680.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/22.22.4673.Consultat el 2023-07-14.
  37. Subramanian, Amarendran Ramaswami (2009). Segment-based Multiple Sequence Alignment (Doctoral thesis) (PDFPDF) (en alemà), Eberhard-Karls-Universität Tübingen.
  38. Peterlongo, Pierre (2006). DNA sequence filtration for the problem of finding long multiple repetitions (Doctoral thesis) (PDFPDF) (en francés), Université de Marne-la-Vallée.
  39. Bioinformatics (Oxford, England).28(12)
    1647–1649.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/bts199.Consultat el 2023-07-21.
  40. BMC bioinformatics.6
    298.ISSN 1471-2105.doi:10.1186/1471-2105-6-298.Consultat el 2023-07-15.
  41. Bioinformatics (Oxford, England).36(6)
    1928–1929.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btz795.Consultat el 2023-07-15.
  42. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.86(12)
    4412–4415.ISSN 0027-8424.doi:10.1073/pnas.86.12.4412.Consultat el 2023-07-21.
  43. Bioinformatics (Oxford, England).18(3)
    452–464.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/18.3.452.Consultat el 2023-07-15.
  44. Proteins.Suppl 3
    121–125.ISSN 0887-3585.doi:10.1002/(sici)1097-0134(1999)37:3+<121::aid-prot16>3.3.co;2-h.Consultat el 2023-07-14.
  45. Nucleic Acids Research.37(Web Server issue)
    W492–497.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkp403.Consultat el 2023-07-14.
  46. Nucleic Acids Research.30(14)
    3059–3066.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkf436.Consultat el 2023-07-15.
  47. Genome Research.14(4)
    693–699.ISSN 1088-9051.doi:10.1101/gr.1960404.Consultat el 2023-07-15.
  48. Nucleic Acids Research.16(22)
    10881–10890.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/16.22.10881.Consultat el 2023-07-15.
  49. Genome Research.13(4)
    721–731.ISSN 1088-9051.doi:10.1101/gr.926603.Consultat el 2023-07-15.
  50. Nucleic Acids Research.32(5)
    1792–1797.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkh340.Consultat el 2023-07-15.
  51. Genome Research.15(2)
    330–340.ISSN 1088-9051.doi:10.1101/gr.2821705.Consultat el 2023-07-15.
  52. Journal of Computational Biology: A Journal of Computational Molecular Cell Biology.13(2)
    309–319.ISSN 1066-5277.doi:10.1089/cmb.2006.13.309.Consultat el 2023-07-15.
  53. Nucleic Acids Research.24(8)
    1515–1524.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/24.8.1515.Consultat el 2023-07-15.
  54. Journal of Molecular Biology.302(1)
    205–217.ISSN 0022-2836.doi:10.1006/jmbi.2000.4042.Consultat el 2023-07-15.
  55. Nucleic Acids Research.31(13)
    3537–3539.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkg609.Consultat el 2023-07-15.
  56. Bioinformatics (Oxford, England).27(12)
    1653–1659.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btr261.Consultat el 2023-07-21.
  57. Protein Science: A Publication of the Protein Society.4(8)
    1618–1632.ISSN 0961-8368.doi:10.1002/pro.5560040820.Consultat el 2023-07-24.
  58. Nucleic Acids Research.31(13)
    3580–3585.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkg608.Consultat el 2023-07-24.
  59. Bioinformatics (Oxford, England).14(1)
    48–54.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/14.1.48.Consultat el 2023-07-21.
  60. Proceedings. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology.2
    28–36.ISSN 1553-0833.Consultat el 2023-07-21.
  61. Machine Learning.21(1)
    51–80.ISSN 1573-0565.doi:10.1007/BF00993379.Consultat el 2023-07-21.
  62. Protein Science: A Publication of the Protein Society.4(8)
    1587–1595.ISSN 0961-8368.doi:10.1002/pro.5560040817.Consultat el 2023-07-24.
  63. Bioinformatics.13(5)
    509–522.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/13.5.509.Consultat el 2023-07-24.
  64. Nucleic Acids Research.34(Web Server issue)
    W362–365.ISSN 1362-4962.doi:10.1093/nar/gkl124.Consultat el 2023-07-24.
  65. Bioinformatics (Oxford, England).37(18)
    2834–2840.ISSN 1367-4811.doi:10.1093/bioinformatics/btab203.Consultat el 2023-07-21.
  66. Bioinformatics (Oxford, England).14(1)
    55–67.ISSN 1367-4803.doi:10.1093/bioinformatics/14.1.55.Consultat el 2023-07-21.

Enllaços externs

[editar | editar còdic]
  • Pollard et al. (2004) (Text complet lliure de PubMed Central): els autors discutixen LAGAN, CHAOS, i Dialign com les més efectives ferramentes comprovades per a determinats usos.

Vore també

[editar | editar còdic]

Referències

[editar | editar còdic]