Bioconductor

Archiu:Bioconductors packs plot.png

Bioconductor

Bioconductor és un proyecte de còdic obert per a l'anàlisis de senyes en Genómica. Els seus orígens es remonten a l'autumne del 2001 en l'objectiu de desenrollar i integrar software per a l'anàlisis estadístic de senyes de laboratori en biologia molecular. Està basat en el llenguage de programació R. La seua principal aplicació és l'anàlisis de microarrays.

Els objectius generals del proyecte són:

• Proporcionar un conjunt ampli i poderós de métodos per a l'anàlisis de senyes de genètica.
• Facilitar l'integració de metadatos biològics en l'anàlisis de senyes experimentals, com la disponible en PubMed o LocusLink.
• Permetre el desenroll ràpit de software extensible, escalable i interoperable.
• Promoure documentació d'alta calitat i experiments reproduibles.
• Proporcionar formació en métodos estadístics i computacionals per a l'estudi de senyes genètiques.

Característiques principals

• L'us de de el llenguage de programació R para Computació Estadística: L'us de R proporciona una àmplia gama de ventages per al proyecte Bioconductor, entre elles estan:
  • Un llenguage interpretat d'alt nivell per a prototipar fàcil i ràpidament nous métodos computacionals.
  • Un sistema ben establit per a empaquetar software junt en documentació.
  • Un marc orientat a objectes per a abordar la diversitat i complexitat dels problemes de biologia computacional i bioinformática.
  • Accés a senyes de biologia computacional i bioinformática en llínea.
  • Compatibilitat en riques activitats de modelació i simulació estadística.
  • Capacitats de visualisació de models i senyes d'última generació.
  • Desenroll actiu per part d'un equip d'investigadors compromesos en la bona documentació i el disseny de software.
• Documentació i investigació reproduible: Cada paquet de Bioconductor conté una o més vinyetes, que són documents que brinden una descripció textual i orientada a tasques de la funcionalitat del paquet. Les vinyetes vénen en vàries formes. Moltes demostren cóm es pot conseguir una tasca en particular en el software d'eixe paquet. Uns atres brinden una descripció general més completa del paquet o analisen qüestions generals relacionades en el paquet.
• Métodos estadístics i gràfics: El proyecte Bioconductor proporciona accés a potents métodos estadístics i gràfics per a l'anàlisis de senyes genómicos. Els paquets d'anàlisis aborden fluix de treball per a l'anàlisis de matrius d'oligonucleótidos, anàlisis de seqüències, citometría de fluix i atres senyes genómicos d'alt rendiment. El propi sistema del paquet R proporciona implementacions per a una àmplia gama de tècniques estadístiques i gràfiques d'última generació, inclosos el model llineal i no llineal, l'anàlisis de conglomerats, la predicció, el remuestreo, l'anàlisis de supervivència i l'anàlisis de séries temporals.

• Anotació: El proyecte Bioconductor proporciona software per a associar micromatrices i atres senyes genómicos en temps real en metadatos biològics de bases de senyes web com GenBank, Entrez gens i PubMed (paquet d'anotació). També es proporcionen funcions per a incorporar els resultats del anàlisis estadístic en informes HTML en enllaços a recursos web d'anotació. Les ferramentes de software estan disponibles per a ensamblar i processar senyes d'anotació genómica, des de bases de senyes com GenBank, Gene Ontology Consortium, Entrez gens, UniGene, UCSC Human Genome Project (paquet AnnotationDbi). Paquets de senyes d'anotació es distribuïxen per a proporcionar mapages entre diferents identificadors de sonda. També es poden ensamblar biblioteques d'anotacions personalisades.
• Cursos curts de bioconductores: El proyecte Bioconductor ha desenrollat un programa de cursos curts sobre software i métodos estadístics per a l'anàlisis de senyes genómicos. S'han impartit cursos per a audiències en experiència en biologia o estadística. Tots els materials del curs (conferències i laboratoris de computació) estan disponibles en este lloc.
• Còdic obert: El proyecte Bioconductor té un compromís en la disciplina de còdic obert complet, en distribució a través d'un servidor públic git (control de versions). Casi totes les contribucions existixen baix una llicència de còdic obert. Hi ha moltes raons diferents per les que el software de còdic obert és beneficiós per al anàlisis de senyes de micromatrices i per a la biologia computacional en general. Les raons inclouen:
  • Per a proporcionar accés complet als algoritmes i la seua implementació.
  • Per a facilitar les millores del software a través de la correcció d'errors i l'extensió del software.
  • Fomentar la bona informàtica científica i la pràctica estadística proporcionant les ferramentes i l'instrucció adequades.
  • Proporcionar un banc de treball de ferramentes que permeta als investigadors explorar i ampliar els métodos utilisats per a analisar senyes biològiques.
  • Conseguir que la comunitat científica internacional siga propietària de les ferramentes informàtiques necessàries per a realisar investigacions
  • Liderar i fomentar el respal comercial i el desenroll d'aquelles ferramentes que tinguen èxit.
  • Promoure l'investigació reproduible proporcionant ferramentes obertes i accessibles en les que portar a terme eixa investigació (l'investigació reproduible és distinta de la verificació independent).