RNA-Seq
RNA-seq ( «seqüenciació de ARN» ), també cridat Seqüenciació del Transcriptoma Sancer per a Clonació a l'Encert[1] (del anglés Whole Transcriptome Shotgun Sequencing ), utilisa la seqüenciació massiva (NGS) per a revelar la presència i cantitat de ARN, en una mostra biològica en un moment donat.[2][3]
Aixina, la RNA Seq usa per a analisar canvis en el transcriptoma. Concretament, la RNA-seq facilita l'observació de transcritos resultants del empalme alternatiu, modificació postranscripcional, fusiones gèniques, mutacions/polimorfisme de nucleòtits únics i canvis d'expressió de gens.[4] Ya que el procés implica l'obtenció de RNA total, la RNA Seq pot ajudar a caracterisar poblacions diferents de RNA com miRNA, tRNA, i rRNA[5] Esta tecnologia, ademés, també pot servir per a determinar les fronteres exón / intrón i verificar o esmenar regions 5 'i 3'.
- Les senyes obtingudes per mig de RNA-seq han segut útils per a la realisació de numerosos estudis. En un artícul publicat en 2019 en la revista Nature communications[6] s'utilisen senyes de ARN-seq per a estudiar les firmes transcriptómicas de diferents membres de el MTBC. Els resultats obtinguts en este estudi mostren que els diferents clados MTBC tenen la seua pròpia firma transcriptómica.
Referències
- ↑ (2008).«Profiling the HeLa S3 transcriptome using randomly primed cDNA and massively parallel short-read sequencing».BioTechniques.45(1): 81–94.doi:10.2144/000112900.Consultat el 31 de març de 2019.
- ↑ (August 2012).«RNA sequencing: platform selection, experimental design, and data interpretation».Nucleic Acid Therapeutics.22(4): 271–4.doi:10.1089/nat.2012.0367.
- ↑ (January 2009).«RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics».Nature Reviews Genetics.10(1): 57–63.doi:10.1038/nrg2484.
- ↑ (March 2009).«Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer».Nature.458(7234): 97–101.doi:10.1038/nature07638.
- ↑ (July 2012).«The ribosome profiling strategy for monitoring translation in viu by deep sequencing of ribosome-protected mRNA fragments».Nature Protocols.7(8): 1534–50.doi:10.1038/nprot.2012.086.
- ↑ Chiner-Oms, Álvaro; Berney, Michael; Boinett, Christine; González-Caneles, Fernando(5 de setembre de 2019).«Genome-wide mutational biases fuel transcriptional diversity in the Mycobacterium tuberculosis complex».Nature Communications.10(1): 3994.ISSN 2041-1723.doi:10.1038/s41467-019-11948-6.Consultat el 5 de setembre de 2020.(en en)
- Este artícul conté una traducció derivada de «RNA-Seq» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.