Contingut GC

Estructura química de l'ADN mostrant els parells GC i els parells AT.

En genètica, GC, Contingut GC o Percentage GC (contingut de guanina i citosina) és una característica del genoma d'un organisme o de qualsevol péntol d'ADN o ARN. G i C denoten guanina i citosina, respectivament. Expressat generalment com a percentage, representa la cantitat de parells Guanina-Citosina en la molècula d'ADN o genoma que està sent investigat. La fracció restant de qualsevol molècula d'ADN contindrà bases A (adenina) i T (timina), de manera que el contingut GC dona també el contingut AT (per eixemple, un GC del 58 % implica un contingut AT del 42 %). Els parells GC en l'ADN estan conectats per tres enllaces d'hidrogen en lloc de dos dels parells AT. Açò fa l'enllaç GC més fort i més resistent a la desnaturalisació per efecte de la temperatura per lo que el contingut GC tendix aixina a ser major en els hipertermófilos. El contingut GC s'utilisa a voltes per a classificar organismes en taxonomia. Per eixemple, les Actinobacteria es caracterisen per ser “bactèries de GC alt”. En Streptomyces coelicolor el GC és del 72 %, en el rent Saccharomyces cerevisiae del 38 %, mentres que en l'organisme modele Arabidopsis thaliana és del 36 %. Per la naturalea del còdic genètic, és virtualment impossible per a que un organisme tinga un genoma en un contingut GC que s'acoste al 0 % o a 100 %. Una espècie en un GC extremadament baix és Plasmodium falciparum (GC 20 %), i en estos casos és generalment comú referir-els com AT alts en lloc de GC baixos. En una secció llarga de la seqüència genómica, els gens es caracterisen a sovint per un GC més alt comparat en el genoma sancer. Particularment, en els exones són gens en GC alt, mentres que els intrones tenen generalment AT alt (GC baix). Més generalment, molts estudis han buscat (i trobat) patrons de la variació de GC a través d'una seqüència genómica (comprenent abdós regions, gèniques i intragénicas que les separen). La funció i significat de tal variació és confusa. En experiments en la reacció en cadena de la polimerasa, el GC del cebador s'utilisa per a determinar els patrons de temperatura. Un GC més alt implica una temperatura de desnaturalisació més alta. El contingut GC es pot medir per varis métodos, sent un dels més simples la temperatura de desnaturalisació de la doble hèliç de l'ADN en un espectrofotómetro. La resposta de l'ADN a en la llongitut d'ona de 260 nm aumenta prou abrupta quan la doble hèliç se separa en dos els dos bri quan es calfa suficientment. Alternativament, si la molècula ADN o ARN ha segut secuenciada llavors el GC es pot obtindre exactament contant el número de bases. Este valor és especialment útil per a valorar la calitat de la seqüenciació d'un bri d'ADN, ya que este valor és relativament constant en cada espècie (al voltant d'un 46 % en humans). Una fluctuació alta d'este valor indicaria que la nostra mostra ha sofrit algun dany en la seua seqüència.

Determinació

El contingut GC és expressat usualment com a percentage, encara que algunes voltes com una raó (cridada raó G+C o raó GC). El contingut GC en percentage es calcula

___*$\frac{G+C}{A+T+G+C}\times 100$

Mientras que la razón G+C se calcula

$\frac{A+T}{G+C}$.

Enllaços externs

Table with GC-content of all sequenced prokaryotes