Anar al contingut

Base de senyes de moviments moleculars

De L'Enciclopèdia, la wikipedia en valencià

La base de senyes de moviments macromoleculares és una ferramenta de software com a servici i una base de senyes bioinformática que intenta categorizar els moviments macromoleculares, també coneguts com canvi de la conformació de les macromolécula.[1][2][3]

Va ser desenrollada originalment per Mark B. Gerstein, Werner Krebs i Nat Echols en el Departament de Biofísica Molecular i Bioquímica de l'Universitat de Yale.[4][5]

Descripció

[editar | editar còdic]

Des de la seua introducció a finals de la década de 1990, els artículs revisats per parells que figuren en la base de senyes han rebut mils de cites.[6][7] La base de senyes ha segut mencionada en artículs de notícies d'importants revistes científiques, capítuls de llibres i atres mijos.

Els usuaris poden buscar un moviment concret en la base de senyes pel nom de la proteïna o pel seu número d'identificació en el Banc de Senyes de Proteïnes.[8] No obstant, lo més habitual és que els usuaris accedixquen a la base de senyes a través del Banc de Senyes de Proteïnes, que a sovint proporciona un hipervínculo a l'entrada de MolMovDB per a les proteïnes que es troben en abdós bases de senyes.[9]


La base de senyes inclou una ferramenta web (el servidor Morph) que permet als usuaris sense coneiximents tècnics animar i visualisar certs tipos de canvis conformacionales de les proteïnes generant curtmetrages. Este sistema utilisa tècniques d'modelización molecular per a interpolar els canvis estructurals entre dos conformadores proteics diferents i generar un conjunt d'estructures intermiges. A continuació, s'envia per correu electrònic a l'usuari un enllaç que apunta als resultats de la morfologia.[10]

El servidor d'Morfo era originalment una ferramenta d'investigació més que una ferramenta general d'animació molecular, per lo que oferia un control llimitat a l'usuari sobre el renderizado, els paràmetros d'animació, el color i el punt de vista, i els métodos originals a voltes requerien una cantitat considerable de temps de CPU per a completar-se.[11] Des de la seua introducció inicial en 1996, la base de senyes i el servidor morfològic associat han segut objecte de desenrolls per a intentar subsanar algunes d'estes deficiències ,[12][13] aixina com afegir noves funcions, com l'anàlisis en modo normal.[14] Atres centres d'investigació han desenrollat posteriorment sistemes alternatius, com MovieMaker Archivat el 24 de giner de 2016 en Wayback Machine, de l'Universitat d'Alberta.

Comercialisació

[editar | editar còdic]

El proveïdor de bioinformática DNASTAR ha incorporat morfo de la base de senyes en el seu producte comercial Protean3D. [15][16] La conexió entre DNASTAR i els autors de la base de senyes, si és que existix, no queda clara de colp i repent.


Referències

[editar | editar còdic]
  1. ↑ “Hot Picks” (en) . Science 284 (5416): 871b–871. doi:10.1126/science.284.5416.871b. ISSN 0036-8075.
  2. ↑ (2003) Structural Bioinformatics, Hoboken, NJ: Wiley-Liss, p. 229. OCLC 50199108. ISBN 978-0-471-20199-1.
  3. ↑ “Protein-nucleic acid interactions Folding and binding Web alert” . Current Opinion in Structural Biology 9 (1): 9–10. doi:10.1016/S0959-440X(99)90000-3.
  4. ↑ «Morphs».
  5. ↑ Erro en la seqüencia d'órdens: no existix el mòdul «Citas».
  6. ↑ «Mark Gerstein - Google Scholar Citations».
  7. ↑ «Werner G. Krebs - Google Scholar Citations».
  8. ↑ “A database of macromolecular motions” . Nucleic Acids Res. 26 (18): 4280–90. doi:10.1093/nar/26.18.4280. PMID 9722650.
  9. ↑ Krebs WG, Gerstein M«SURVEY AND SUMMARY: The morph server: a standardized system for analyzing and visualizing macromolecular motions in a database framework».Nucleic Acids Res..28(8)
    1665–75.doi:10.1093/nar/28.8.1665.
  10. ↑ “SURVEY AND SUMMARY: The morph server: a standardized system for analyzing and visualizing macromolecular motions in a database framework” . Nucleic Acids Res. 28 (8): 1665–75. doi:10.1093/nar/28.8.1665. PMID 10734184.
  11. ↑ “MovieMaker: a web server for rapid rendering of protein motions and interactions” . Nucleic Acids Res. 33 (Web Server issue): W358–62. doi:10.1093/nar/gki485. PMID 15980488.
  12. ↑ “The Database of Macromolecular Motions: new features added at the decade mark” (2006). Nucleic Acids Research 34 (Database issue): D296–301. doi:10.1093/nar/gkj046. PMID 16381870.
  13. ↑ “Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures” . BMC Bioinformatics 5: 2. doi:10.1186/1471-2105-5-2. PMID 14715091.
  14. ↑ “Normal modes for predicting protein motions: A comprehensive database assessment and associated Web tool” . Protein Sci. 14 (3): 633–43. doi:10.1110/ps.04882105. PMID 15722444.
  15. ↑ «The Motion Library in Protean3D documentation».
  16. ↑ «Protean3D overview».
Obtingut de «https://www.lenciclopedia.org/w/index.php?title=Base_de_senyes_de_moviments_moleculars&oldid=683516»