Marcador de seqüència expressada
Un marcador de seqüència expressada o EST (acrònim en anglés: Ixpressed Sequence Tag) és una chicoteta subsecuencia d'una seqüència nucleotídica transcrita (codificante d'una proteïna o no). Es poden usar per a identificar genes que es transcriben i en el descobriment de gens, i per a determinació de seqüències.[1] L'identificació dels EST ha progressat ràpidament, en aproximadament 52 millons de ESTs disponibles en les bases públiques (per ej. GenBank maig de 2008, totes les espècies).[2]
Els EST són produïts per una eixecució de seqüenciació sobre un ARNm clonat (per eixemple secuenciando varis centenars de parells de bases d'un extrem d'un clon d'ADNc pres d'una biblioteca de ADNc).[1] La seqüència resultant és un fragment de baixa calitat, generalment de 500 a 800 nucleòtits, que és la llongitut de seqüenciació dels seqüenciadors automàtics més habituals. Com eixos clons consistixen en ADN, que és complementari a el ARNm, els EST representen porcions de gens expressats.[3] Es pot presentar en les bases de senyes tant com a seqüència de ADNc/ARNm o complemente revers de ARNm, la cadena mòle. És necessari crear un clon de ADN, perque és més estable, de tal forma que representa solament una seqüència expressada de el ADN.[3]
Les ESTs (Expressed sequence tags o be en espanyol, marcadors de seqüències expressades) són potents ferramentes en reduir el temps per a identificar l'ubicació d'un gen determinat dins del genoma, els científics han demostrat per mig de l'utilisació de les ESTs es pogut aïllar de manera ràpida els gens que causen la malaltia d'Alzheimer i el càncer de còlon.[4]
Les EST poden assignar-se a ubicacions específiques del cromosoma utilisant tècniques de mapage físic, tals com el mapage híbrit per radiació o l'hibridació fluorescent in situ (FISH).[3] Per una atra part, si el genoma de l'organisme del com es va obtindre la EST s'ha secuenciado es poden alinear les seqüències EST en este genoma. L'enteniment actual dels gens del genoma humà (2006) inclou l'existència de mils de gens basats solament en evidència de EST.[1]
En este sentit, les EST es convertixen en un instrument per a afinar la transcripcions predites d'eixos gens, lo que du a la predicció dels seus productes proteics, i finalment, de la seua funció.[4] Ademés, la situació en la que s'obtenen els EST (teixit, orgue, estat de malaltia —per eixemple, càncer—) proporciona informació sobre les condicions en les que el gen corresponent està actuant. Els EST contenen suficient informació per a permetre el disseny de sondes precises para chips de ADN que després es poden utilisar per a determinar l'expressió de gens.[5]
Alguns autors usen el terme «EST» per a descriure gens dels que no es té molta informació.[6]
Desventages de l'utilisació de les EST
[editar | editar còdic]- Les EST algunes voltes presenten baixa calitat, per lo que es generen de manera automàtica i sense verificació, lo que conté alts percentages d'errors.
- Les seqüències dels gens en l'extrem 3' estan més representades que les seqüències en l'extrem 5', per l'utilisació de les tècniques de transcripció inversa.[1]
- Les seqüències de l'extrem 3' són més propenses a errors, degut la baixa calitat de base a l'inici de la seqüència.[4]
- Presència de clons quiméricos pels artefactes de clonació en la construcció de la biblioteca genómica, en la que més d'una transcripció és lligada a un clon resultant de l'extrem 5' d'un gen i 3' d'un atre gen.[4]
- Presenten transcripcions abundants i altament expressades, els gens débilmente expressats es troben limitadamente en la seqüenciació EST.
- A pesar de les llimitacions que es presenten, la tecnologia EST seguix sent àmpliament utilisada.[1]
Ventages de l'utilisació de les EST
[editar | editar còdic]- Les biblioteques EST es generen fàcilment per cèlules, tejídos i òrguens en diferents etapes del desenroll.[5]
- Encara que les EST individuals presenten errors, l'unió de les EST conté molta informació, despuix de l'obtenció de múltiples seqüències EST, es deriva un ADNc de llongitut completa.[2]
- L'almagasenament ràpit de seqüències EST ha dut a crear les bases de senyes públiques i privades de l'informació.[2]
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ 1,0 1,1 1,2 1,3 1,4 Adams MD, Kelley JM, Gocayne JD, Dubnick M, Polymeropoulos MH, Xiao H, Merril CR, Wu A, Olde B, Moreno RF, et al. Complementary DNA sequencing: expressed sequence tags and human genome project. Science. 1991 Jun 21;252(5013):1651-6. PMID 2047873
- ↑ 2,0 2,1 2,2 Bergel Crespi. «Palesos de seqüències genètiques humanes» (en espanyol). Enciclopèdia Microsoft. Consultat el 12 de giner de 2017.
- ↑ 3,0 3,1 3,2 «Marcador de seqüència expressada synonym by Babylon's thesaurus». thesaurus.babylon-software.com. Consultat el 13 de giner de 2017.
- ↑ 4,0 4,1 4,2 4,3 «Etiquetes de seqüències expressades (EST) i seqüència de repetició simple (SSR) octoploid marcadors de fraula (Fragaria x ananassa)». viaclinica.com. Archivat des d'el original, el 18 de giner de 2017. Consultat el 13 de giner de 2017.
- ↑ 5,0 5,1 Nagaraj, Shivashankar H, Gasser, Robin B, and Ranganathan, Shoba. A hitchhiker's guide to expressed sequence tag (EST) analysis. Brief Bioinform 8 (2007 Jan): 6-21. article
- ↑ dbEST
- Este artícul conté una traducció derivada de «Marcador de secuencia expresada» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.