Estadístic N50
En bioinformática l'estadístic N50 és àmpliament utilisat en l'ensamblado o montage d'un genoma, especialment en referència a la llongitut dels contig dins d'un proyecte de ensamblado d'un genoma.
El valor N50 és una mida de la calitat d'ensamblage de les senyes Next-Generation Sequencing NGS per mig de la determinació de quina tan ben s'eixercita un ensamblador en la formació de contig i scaffold. N50 es definix com una estadística mijana ponderada tal que el de tot el conjunt està contingut en contigs que són iguals o majors que este valor. Encara que la precisió de l'ensamblage és extremadament difícil de medir, el valor N50 ha segut fins ara la mètrica més comuna per a usar per a la completitud de l'ensamblage genómico. Es poden utilisar atres mètriques per a determinar el rendiment general del conjunt, pero totes es basen en l'estadístic N50. Generalment, se supon que quant major siga el valor N50, l'ensamblage és molt més precís.[1]
Càlcul de el N50
[editar | editar còdic]Donat un conjunt de seqüències de llongituts variables, es busca primer ordenar la seqüència de major a menor segons les seues llongituts, després se sumen totes les llongituts i es pren el de dita suma, per a despuix sumar les llongituts de major a menor fins a aplegar a el i la llongitut de la seqüència és el valor de l'estadístic N50.[2]
Atres estadístics relacionats
[editar | editar còdic]Estadístic L50
[editar | editar còdic]El número del contig que la seua sumixca de llongitut és el valor N50.
Estadístic U50
[editar | editar còdic]La llongitut del contig més chicotet tal que el de la suma de tots els contigs únics i específics de l'objectiu està continguda en contigs de tamany U50 o més gran.
Estadístic NG50
[editar | editar còdic]La llongitut del contig més chicotet tal que el del genoma de referència està contingut en contigs de tamany NG50 o més gran. NG50 estima el tamany del genoma en funció de les llongituts d'entrada de contig, no d'un genoma de referència com a entrada.
Estadístic UL50
[editar | editar còdic]El número de contigs que la seua sumixca de llongitut produïx U50 [UG50].
Estadístic UG50
[editar | editar còdic]La llongitut del contig més chicotet tal que el 50% del genoma de referència està contingut en contigs únics, específics de l'objectiu de tamany UG50 o més gran.
Estadístic UG50%
[editar | editar còdic]La duració estimada de la cobertura de la UG50 en relació directa en la llongitut del genoma de referència. .
Referències
[editar | editar còdic]- Este artícul conté una traducció derivada de «Estadístico N50» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.