ADN antic

El ADN antic (ADNa) és aquell ADN aïllat de espècimen antics. També pot ser descrit com qualsevol ADN recuperat de mostres biològiques que no han segut preservades específicament per a anàlisis de ADN futurs. Alguns eixemples inclouen l'anàlisis de ADN recuperat de material arqueològic i històric d'esquelets o teixits momificados, coleccions o archius de mostres mèdiques, espècimen de museus o herbarios històrics, restants paleontológicos d'animals o plantes del Holoceno, sediment marins i llacustres, entre uns atres.

A diferència dels anàlisis genètics moderns, els estudis de ADN antic estan caracterisats per la baixa calitat de el ADN, açò llimita els alcanç dels anàlisis. Ademés, per la degradació de les molècules de ADN, un procés correlacionado en factors tals com el temps, la temperatura, i la presència d'aigua lliure, supera els llímits més allà dins dels quals el ADN té provabilitats de sobreviure.

Allentoft et al. (2012) varen intentar calcular este llímit per mig de l'estudi de la descomposició del ADN mitocondrial i nuclear en els ossos de Moa. El ADN es degrada de manera exponencial. D'acort al seu model, el ADN mitocondrial (ADNmt) es degrada en promig un parell de bases cada 6 830 000 anys a -5 °C. La cinètica de descomposició ha segut medida per mig d'experiments d'envelliment accelerat a on es presenten encara més la forta influència de la temperatura i humitat d'almagasenament en la descomposició de el ADN.

El ADN nuclear es degrada dos voltes més ràpit que el ADNmt. Com a tals, els primers estudis que varen informar sobre la recuperació de ADN molt més antic, per eixemple a partir de restants de dinosauris del Cretácico, pot tindre el seu orige en la contaminació de la mostra. Com a tal, els primers estudis que varen informar sobre la recuperació de ADN més antic, per eixemple, a partir de restants de dinosauris del Cretácico, varen poder tindre el seu orige d'una mostra contaminada.

ADN reticulado, de 4000 anys d'antiguetat, extret del fege del sacerdot del Antic Egipte Ankh-Nekht.

Història dels estudis de ADN antic

El primer estudi de lo que seria cridat ADNa es va realisar en 1984, quan Russ Higuchi i els seus colegues de Berkeley varen informar sobre els rastres de ADN d'un espècimen del museu de la Quagga no solament varen permanéixer en la mostra més de 150 anys despuix de la mort de l'individu, sino varen poder ser extrets i secuenciados.

Durant els pròxims dos anys, per mig d'investigacions en mostres naturals i momificadas artificialment, Svante Pääbo va confirmar que este fenomen no estava llimitat a espècimen de museu recents, pero segons pareix pot ser replicat en una série de mostres de humans momificados de fa mils d'anys. No obstant, els laboriosos processos que es requerien en eixe moment per a secuenciar el ADN (a través de la clonació bacteriana) eren un fre eficaç en el desenroll del camp de el ADN antic.

El doble amplificament del iniciador/primer per PCR de el ADNa (jumping-PCR) pot produir artefactes de seqüència altament biaixats i no autèntics. La tècnica de PCR anidado, es va utilisar per a superar estes deficiències.

L'amplificament per extensió de primer únic (abr. SPEX) es va introduir en 2007 per a fer front als danys per mutacions post mortem de el ADN.

Problemes i errors

El ADN pot contindre un gran número de mutacions post mortem i estes s'incrementen en el temps. Algunes regions de polinucleótidos són més susceptibles a esta degradació, per lo tant, les senyes de seqüenciació poden evadir els filtres estadístics utilisats per a verificar la validea de l'informació. Pels errors de seqüenciació, es deu tindre gran conte en interpretar el tamany d'una població. Les substitucions resultants de la desaminaació de residus de citosina estan sobrerrepresentados en les seqüències de ADN antic. Un atre problema en les mostres de ADN antic és la contaminació en ADN humà modern i per ADN microbiano (la majoria del com no és antic).

Bibliografia

• An C-C, Li I, Zhu Y-X. . 1995. Molecular cloning and sequencing of the 18S rDNA from specialized dinosaur egg fossil found in Xixia Henan, China. Acta Sci Nat Univ Pekinensis 31: 140 – 147
• Baker LE. 2001. Mitochondrial DNA haplotype and sequence analysis of historic Choctaw and Menominee hair shaft samples. PhD Thesis. University of Tennessee, Knoxville.
• Basler CFProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.98(5)

2746 – 2751.doi:10.1073/pnas.031575198.

• Cano RJ(1992a).Med Sci Res.20

249 – 251.

• Cano RJ(1992b).Med Sci Res.20

619 – 622.

• Cano RJAppl Environ Microbiol.60

2164 – 167.

• Cooper AProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.89(18)

8741 – 8744.doi:10.1073/pnas.89.18.8741.

• Díaz M.L. and Rodríguez E.L. The History of the Infectious Diseases is Written in the aDNA: Reality or Fiction. Bol. Int. Cienc. Bàsica. Vol. 3, No. 3: 68 – 76. (Article N° BICB-08140200)
• Donoghue HD, Spigelman M, Zias J, Gernaey-Child AM, Minnikin DE. 1998. Mycobacterium tuberculosis complex DNA in calcified pleura from remains 1400 years old. Lett Appl Microbiol 27: 265 – 269
• Dumolin-Lapegue SMol. Ecol..8(12)

2137 – 2140.doi:10.1046/j.1365-294x.1999.00788.x.

• Fish SANature.417(6887)

432 – 436.doi:10.1038/417432a.

• Gilbert MTP, Wilson AS, Bunce M, Hansen AJ, Willerslev I, Shapiro B, Higham TFG, Richards MP, O'Connell TC, Tobin DJ, Janaway RC, Cooper A(2004).Current Biology.14

R463 – 464.doi:10.1016/j.cub.2004.06.008.

• Golenberg EM(1991).Philos Trans R Soc Lond B.333

419 – 26.doi:10.1098/rstb.1991.0092.

• Golenberg EMNature.344(6267)

656 – 658.doi:10.1038/344656a0.

• Goloubinoff PProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.90(5)

1997 – 2001.doi:10.1073/pnas.90.5.1997.

• Hagelberg INature.342(6249)doi:10.1038/342485a0.
• Hagelberg INature.370(6488)

333 – 334.doi:10.1038/370333b0.

• Handt O(1994b).Science.264(5166)

1775 – 1778.doi:10.1126/science.8209259.

• Junqueira ACMMed Vet Entomol.16(1)

39 – 45.doi:10.1046/j.0269-283x.2002.00336.x.

• Li I, An C-C, Zhu Y-X(1995).Acta Sci Nat Univ Pekinensis.31

148 – 152.

• Lindahl TNature.365(6448)doi:10.1038/365700a0.
• Montiel RHum Biol.73(5)

689 – 713.doi:10.1353/hub.2001.0069.

• Poinar HNature.363(6431)doi:10.1038/363677a0.
• Poinar HNProceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.98(8)

4317 – 4322.doi:10.1073/pnas.061014798.

• Rizzi I, Lari M, Gigli I, De Bellis G, Caramelli D, 2012, Ancient DNA studies: new perspectives on old samples, Genetic Selection and Evolution volume, 44: 21 doi: 10. 1186/1297-9686-44-21

• Vreeland RHNature.407(6806)

897 – 900.doi:10.1038/35038060.

• Willerslev IProceedings of the Royal Society B.272(1558)

3 – 16.doi:10.1098/rspb.2004.2813.