CHIP-seq
La Inmunoprecipitación de la Cromatina acoplada a Seqüenciació, de l'anglés, CHIP-sequencing (CHIP-seq) és un método d'anàlisis molecular utilisat per a identificar els llocs d'unió de les proteïnes en la molècula d'ADN. Este método combina ensajos d'inmunoprecipitación de la cromatina en tècniques de seqüenciació massiva. La CHIP-seq és una tècnica que s'utilisa per al diagnòstic de malalties i l'anàlisis de la regulació de l'expressió gènica en diferents contexts celulars.[1]
Tècnica
En una primera fase es realisa l'inmunoprecipitación de la cromatina per a seleccionar les seqüències del ADN que presenten llocs d'unió per a una determinada proteïna.[2]
- Esta primera fase es realisa en dos passos:
- El primer pas consistix en l'extracció dels fragments de cromatina units a proteïnes. Per a això, les cèlules es fixen en formaldehit per a mantindre les interaccions entre les proteïnes i el ADN. Despuix, es produïx l'extracció del núcleu per a aixina eliminar totes aquelles proteïnes de la citoplasma que puguen interferir en la detecció. Els núcleus s'exponen a un procés de lisis celular per a extraure la cromatina i esta cromatina es fragmenta per ultrasons.
- El segon pas consistix en la inmunoprecipitación dels fragments obtinguts. Per a este pas s'utilisen anticossos específics que reconeixen la proteïna d'interés. Aixina s'obté tots aquells fragments de ADN que tinguen units la proteïna d'interés. Per últim es realisa un procés de purificació per a eliminar tant els anticossos com les proteïnes unides i obtindre solament els fragments de ADN.
La segona fase de la tècnica del CHIP-seq realisa una seqüenciació simultànea dels fragments obtinguts per inmunoprecipitación de la cromatina.
Les senyes obtingudes d'esta seqüenciació s'analisen per mig de tècniques de bioinformática.
Usos
La tècnica de CHIP-seq s'utilisa sobretot per a determinar cóm els factors de transcripció i atres proteïnes associades a la cromatina (per eixemple, les histona) influïxen en transcripció gènica.
Un eixemple d'este us és seleccionar les regions del genoma que presenten modificacions específiques de les histona. Les histona poden sofrir processos de metilació, acetilación, etc. que els permeten regular l'expressió gènica. La acetilación de les histona generalment comporta a una activació de la transcripció gènica. Regions que modulen l'expressió gènica com poden ser els elements de regulació en cis (tant promotors com potenciadores) són susceptibles de presentar histona acetiladas, en concret presenten acetilación de la lisina 27 de la histona 3. Usant este tipo d'anàlisis podem identificar qué regions són promotors i potenciadores.[3]
Referències
- ↑ Muhammad, Isiaka Ibrahim; Kong, Sze Ling; Akmar Abdullah, Siti Nor; Munusamy, Umaiyal(25 de decembre de 2019).«RNA-seq and CHIP-seq as Complementary Approaches for Comprehension of Plant Transcriptional Regulatory Mechanism».International Journal of Molecular Sciences.21(1): 167.ISSN 1422-0067.doi:10.3390/ijms21010167.Consultat el 25 de giner de 2020.(en en)
- ↑ Raha, Debasish; Hong, Miyoung; Snyder, Michael(2010-07).«ChIP-Seq: A Method for Global Identification of Regulatory Elements in the Genome».Current Protocols in Molecular Biology.91(1): 21.19.1–21.19.14.doi:10.1002/0471142727.mb2119s91.Consultat el 25 de giner de 2020.(en en)
- ↑ Mathelier, Anthony; Shi, Wenqiang; Wasserman, Wyeth W.(2015-02).«Identification of altered cis-regulatory elements in human disease».Trends in Genetics.31(2): 67–76.ISSN 0168-9525.doi:10.1016/j.tig.2014.12.003.Consultat el 25 de giner de 2020.
- Este artícul conté una traducció derivada de «CHIP-seq» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.