UniProt
UniProt (de universal protein) és un repositori central de senyes gratuït sobre proteïnas. Açò ho ha convertit en el recurs líder a nivell mundial sobre l'almagasenament d'informació sobre proteïnes. La majoria d'entrades prové de proyectes de seqüenciació del genoma, i es troben publicades en revistes científiques.
El consorci UniProt
[editar | editar còdic]El consorci UniProt comprén el Institut Europeu de Bioinformática (EBI), el Institut Suís de Bioinformática (SIB), i Protein Information Resource (PIR). EBI es troba localisat en el Wellcome Trust Genome Campus en Hinxton (Regne Unit). Est conta en una gran font de bases de senyes i de servicis bioinformáticos. SIB es troba en Ginebra (Suïssa). Manté els servidors d'ExPASy (Expert Protein Analysis System), els quals són un recurs central per a ferramentes proteómicas, aixina com per a bases de senyes. PIR es troba en la National Biomedical Research Foundation (NBRF), localisada en l'Hospital Universitari de Georgetown, en Washington D. C. (Estats Units). PIR és hereua de la base de senyes més antiga de seqüència de proteïnes, l'Atles de Seqüència i Estructura de Proteïnes, publicada en 1965 per Margaret Dayhoff.[1] En 2002, EBI, SIB, i PIR varen unir forces en el consorci UniProt.[2]
Les raïls de les bases de senyes UniProt
[editar | editar còdic]Cada membre del consorci està molt involucrat en el manteniment i l'anotació de la base de senyes de proteïnes. Fins fa poc, EBI i SIB produïen juntes les bases de senyes Swiss-Prot i TrEMBL, mentres que PIR produïa la base de senyes de seqüències de proteïnes (PIR-PSD).[3][4] Estes bases de senyes varen coexistir en diferents prioritats d'anotació i cobertura de seqüències de proteïnes .
Swiss-Prot va ser creat en 1986 per Amos Bairoch durant el seu doctorat i desenrollat pel Institut Suís de Bioinformática i posteriorment desenrollat per Rolf Apweiler en el Institut Europeu de Bioinformática .[5] Swiss-Prot tenia com a objectiu proporcionar seqüències de proteïnes confiables associades en un alt nivell d'anotació (com la descripció de la funció d'una proteïna, la seua estructura de domini , modificacions postraduccionales , variants, etc. ), un nivell mínim de redundància i alt nivell d'integració en atres bases de senyes. Reconeixent que les senyes de seqüència s'estaven generant a un ritme que excedia la capacitat de Swiss-Prot per a mantindre's al dia, es va crear TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library) per a proporcionar anotacions automatizado per a aquelles proteïnes que no estan en Swiss-Prot. Mentrestant, PIR va mantindre el PIR-PSD i les bases de senyes relacionades, inclosa iProClass , una base de senyes de seqüències de proteïnes i famílies seleccionades.
Els membres del consorci varen combinar els seus recursos i experiència superposts i varen llançar UniProt en decembre de 2003.[6]
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ Dayhoff, Margaret O. (1965). National Biomedical Research Foundation (ed.). Atles of protein sequence and structure.
- ↑ «2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database». Archivat des d'el original, el 24 de setembre de 2015. Consultat el 14 d'abril de 2018.
- ↑ Nucclec Acids Research (ed.): «The Protein Information Resource» (en anglés). Consultat el 3 de maig de 2021.
- ↑ Nucleic Acids Research.31(1)
- 365–370.ISSN 0305-1048.Consultat el 2021-05-03.
- ↑ Nucleic Acids Research.24(1)
- 21–25.ISSN 0305-1048.Consultat el 2021-05-03.
- ↑ Current Opinion in Chemical Biology.8(1)
- 76–80.ISSN 1367-5931.doi:10.1016/j.cbpa.2003.12.004.Consultat el 2021-05-03.
- Este artícul conté una traducció derivada de «UniProt» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.