SIMAP

SIMAP (de l'anglés SImiliarity MAtrix of Proteins, o matriu de similitut de proteïnes) és una base de senyes de similituts entre proteïnes creada usant computació distribuïda, i que és lliurement accessible per a propòsits científics. SIMAP utilisa l'algoritme de FASTA para precalcular la similitut de les proteïnes, mentres que una atra aplicació utilisa models amagats de Márkov per a identificar dominis proteics.

La base de senyes ha segut completada, pero s'actualisarà per a descobriments de noves proteïnes.

Plataforma de còmput

SIMAP utilisa la plataforma de computació distribuïda BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing, infraestructura oberta Berkeley per a computació en ret).

Algunes notes sobre el rendiment de l'aplicació:

• Els temps de CPU sobre unitat de treball poden variar prou, trobant-se en el ranc d'entre 15 minuts i 3 hores.
• Cada unitat de treball es troben entre 600 KB i fins a 1,35 MB, en la mija al voltant d'1,20 MB.
• SIMAP proporciona software client optimisat per a processadors en SSE (Streaming SIMD Extensions, extensions SIMD per a fluix) disponible. Per a processadors antics sense SSE també es proporcionen aplicacions, pero requerixen un detallat manual d'instalació. Els sistemes operatius soportats per SIMAP són Linux, Windows, Mac OS i atres plataformes UNIX.
• ya que la base de senyes s'ha completat, només hi haurà treball disponible en el futur pròxim de forma esporàdica.