Ontologia gènica

Archiu:Go-logo.small.png

Ontologia gènica

El proyecte de ontologia gènica (en anglés Gene Ontology la sigla del qual és GO) proveïx un vocabulari controlat que descriu el gen i els atributs del producte gènic en qualsevol organisme. Pot ser, en general, dividit en dos parts. La primera és l'ontologia per sí mateixa; en realitat són tres ontologia, cada cual representant un concepte clau en biologia molecular: la funció molecular dels productes gènics; el seu rol en els processos biològics de múltiples direccions; i la seua localisació en components celulars. Les ontologia són contínuament actualisades, i es dispon de noves versions mensualment.

La segona part és l'anotació, la caracterisació dels productes gènics usant térmens de l'ontologia. Els membres del Consorci GO (GO Consortium en anglés) entreguen la seua informació i es fa disponible públicament a través del sitie web GO.

GO és també partix d'un esforç major de classificació, les Ontologia Biomèdiques Lliures, (Open Biomedical Ontologies, OBO, en anglés).

Història

Gene Ontology va ser originalment construïda en 1988 per un consorci d'investigadors que estudiaven el genoma de tres organismes modele: Drosophila melanogaster (mosca del vinagre, o mosca de la fruta), el Mus musculus (rata casera, o rata de laboratori), i el Saccharomyces cerevisiae (rent). Moltes atres bases de senyes d'organismes modele s'han unit al consorci de l'Ontologia del Gen, contribuint tant en l'anotació de gens d'un o més organismes, com en el desenroll de les ontologia. Cap a giner de 2008, GO conté sobre 24,500 térmens aplicables a una àmplia varietat d'organismes biològics. Hi ha un cos de lliteratura significatiu sobre el desenroll i us de GO, i s'ha convertit en una de les ferramentes estàndar en la bioinformática.

Térmens de l'ontologia gènica

Cada terme GO consistix en un únic identificador alfanumèric, un nom comú, sinònims (si són d'aplicació), i una definició. Quan un terme té múltiples significats depenent de les espècies, el GO usa una etiqueta "sensu" per a diferenciar-los entre ells. Els térmens són classificats en solament una de les tres ontologia, les quals estan estructurades, cada una d'elles, com un grafo dirigit acíclic.

Nous térmens i anotacions són sugerides per membres de les comunitats d'investigació i anotació. Una volta publicats, són revisats per membres del consorci GO per a determinar el seu aplicabilidad.

Si es decidix que un terme de l'ontologia no és apropiat, és desaprovat, o marcat com "obsolet". Açò pot passar per diferents raons, com estar fora de l'objectiu de l'ontologia o estar engañosamente nomenat o definit.

L'archiu de l'ontologia està gratuïtament disponible en el sitie web de el GO; es pot buscar i navegar entre els térmens usant el navegador GO AMIC. El proyecte d'Ontologia del Gen també proveïx mapages dels seus térmens a atres sistemes de classificació que cobrixen la mateixa àrea de la biologia.