Mascot

Mascot és un sistema de software que ampra senyes d'espectrometria de masses per a l'identificació de proteïnes a partir de bases de senyes de seqüències de péptidos en format FASTA.És àmpliament utilisat per centres d'investigació de tot lo món. Funciona en un algoritme de puntuació provabilístic per a l'identificació de proteïnes, est va ser adaptat d'un algoritme existent cridat MOWSE. El software està disponible de manera gratuïta i d'us lliure en el lloc web de Matrix Science.No obstant, es requerix una llicència de pagament per al seu us de manera privada, en a on s'incorporen més funcions i és personalisat.

Mascot va aplegar a revolucionar la manera en la que es feya la proteómica, ya que va ser un dels primers softwares desenrollats per a l'identificació de proteïnes a partir d'espectres de masses obtinguts per proteómica shotgun.Va sorgir a partir de la necessitat d'ampliar les llimitacions en les que contava en aquell llavors l'algoritme MOWSE, el qual solament era aplicable a chafades peptídicas. Ademés, Mascot va permetre l'anàlisis complet de mostres complexes de proteïnes de manera directa sense la necessitat de separar unes proteïnes d'atres per a la seua posterior identificació.

Història

Història de Mascot (Software)

MOWSE va ser un dels primers algoritmes desenrollats per a l'identificació de proteïnes utilisant la chafada peptídica. Es va desenrollar originalment en 1993 com una colaboració entre Darryl Pappin del Fondo Imperial d'Investigació del Càncer (ICRF) i Alan Bleasby del Consell d'Investigació en Ciència i Ingenieria (SERC). Una de les principals característiques que diferenciaven a MOWSE d'atres algoritmes d'identificació de proteïnes era la manera en la que generava una puntuació basada en provabilitat per a l'identificació.

Ademés, va anar el primer en tindre en conte la distribució no uniforme dels tamanys de péptidos, causada per la digestió enzimàtica d'una proteïna necessària per a l'anàlisis d'espectrometria de masses. No obstant, este algoritme sol era aplicable a busques de chafades peptídicas i depenia de bases de senyes precompiladas que eren inflexibles respecte a modificacions postraduccionales i corts per enzimes distintes a la tripsina, tals com Asp-N, GluC i quimotripsina. Per a superar estes llimitacions, aprofitar els sistemes multiprocessador i afegir funcionalitat de busca no enzimàtica, David Perkins del Fondo Imperial d'Investigació del Càncer (ICRF) va començar el desenroll del software des de zero. Les primeres versions varen ser desenrollades per a sistemes Silicon Graphics Irix i Digital Unix. Finalment, este software es va denominar Mascot i, per a aplegar a un públic més ampli, David Creasy i John Cottrell varen crear una empresa de bioinformática externa cridada Matrix Science per a desenrollar i distribuir Mascot. Existixen versions de software heretades per a Tru64, Irix, AIX, Solaris, Microsoft Windows NT4 i Microsoft Windows 2000. Mascot ha estat disponible com un servici gratuït en el lloc web de Matrix Science des de 1999 i ha segut citat en la lliteratura científica més de 5.000 voltes. En l'actualitat Matrix Science continua treballant per a millorar el funcionament del software.

Funcionament

Funcionament del software Mascot

Mascot compara els pesos moleculars obtinguts dels espectrómetros de massa en una base de senyes de péptidos coneguts. El programa realisa una digestió in silico de cada proteïna en la base de senyes de busca especificada, d'acort en regles específiques en funció de l'enzima d'escissió utilisada per a la digestió i calcula la massa teòrica de cada péptido. Posteriorment, per a identificar els péptidos, Mascot calcula la provabilitat de que una coincidència observada entre les senyes experimentals i les seqüències de péptidos trobades en la base de senyes de referència haja ocorregut per casualitat. La coincidència en la menor provabilitat d'ocórrer per casualitat es torna com la coincidència més significativa. L'importància de la coincidència depén del tamany de la base de senyes que s'està consultant.