KEGG
| Contingut | |
|---|---|
| Descripció | Recurs bioinformático per a dessifrar el genoma |
| Organismes | Àmplia gama d'organismes |
| Contacte | |
| Centre d'investigació | Universitat de Kyoto |
| Laboratori | Laboratoris Kanehisa |
| Cita primària | PMID 10592173 |
| Llançament | 1995 |
| Accés | |
| Sitie web | www.kegg.jp |
| Servici web URL | REST – vore KEGG API |
| Ferramentes | |
| Web | KEGG Mapper |
Coneguda com KEGG (Enciclopèdia de Gens i Genomes de Kyoto) és una colecció de bases de senyes en llínea de genomas, rutes enzimàtiques, malalties, fàrmacs i substàncies químiques . La base de senyes KEGG pot ser utilisada per a l'investigació i l'educació en bioinformática, inclós l'anàlisis de senyes en genómica, metagenómica, metabolómica i atres estudis ómicos, modelació i simulació en biologia de sistemes i investigació traslacional en el desenroll de fàrmacs. A partir de juliol de 2011, KEGG ha canviat a un model de subscripció i l'accés a través de FTP que ya no és debades.
Introducció
[editar | editar còdic]En la base de senyes de KEGG, Kyoto Encyclopedia of Gens and Genomes, va ser iniciat pel programa del genoma humà japonés en 1995.[1] Els desenrolladors consideren a KEGG de ser una "representació informàtica" del sistema biològic.[2] La base de senyes KEGG pot ser utilisada per a la modelización, simulació, navegació i extracció de senyes. Formant part de l'enfocament biologia de sistemes.
El proyecte de la base de senyes KEGG va ser iniciat en 1995 per Minoru Kanehisa, professor de l'Institut d'Investigació Química de l'Universitat de Kyoto, en el marc del llavors vigent Programa Japonés del Genoma Humà.[3][4] Preveent la necessitat d'un recurs informàtic que permetera l'interpretació biològica de les senyes de seqüències genómicas, va començar a desenrollar la base de senyes KEGG PATHWAY. Es tracta d'una colecció de mapes de vies KEGG dibuixats manualment que representen el coneiximent experimental sobre el metabolisme i atres funcions de la cèlula i l'organisme.
Cada mapa de vies conté una ret d'interaccions i reaccions moleculars i va ser dissenyat per a vincular els gens del genoma en els productes gènics (principalment proteïnes) de la via. Açò permet l'anàlisis denominat mapage de vies KEGG, per mig del qual el contingut gènic del genoma es compara en la base de senyes KEGG PATHWAY per a examinar qué vies i funcions associades provablement estan codificades en el genoma.
Segons els seus desenrolladors, KEGG és una «representació informàtica» del sistema biològic.[5] L'element integra els components bàsics i els diagrames de cablejat del sistema; més específicament, els components genètics de gens i proteïnes, els components químics de molècules menudes i reaccions, i els diagrames de cablejat de les rets d'interacció i reacció molecular. Este concepte es materialisa en les següents bases de senyes de KEGG, categorizadas en sistemes, genómica, química i informació de salut.
Bases de senyes en KEGG
[editar | editar còdic]KEGG manté cinc bases de senyes principals les quals conten en característiques i funcions diferents, tal com es mostra en la següent taula:[6]
| Base de senyes | ¿Qué és? | ¿Per a qué servix? | Tipo de senyes | Aplicacions principals |
|---|---|---|---|---|
| KEGG PATHWAY | Base de senyes de rutes metabòliques i senyalisació celular | Visualisar i analisar rets bioquímiques en cèlules | Rutes metabòliques, gens, enzimes, proteïnes, i metabòlits. | Anàlisis funcional de genomes, transcriptomas i metabolomas,proteomas, i vies celulars |
| KEGG Atles | Vista interactiva global de les rutes metabòliques | Explorar gràficament tot el metabolisme celular | Mapa global basat en KEGG PATHWAY | Visualisació integrada de rutes metabòliques; exploració general |
| KEGG GENES | Base de senyes de gens/proteïnes anotats de genomes secuenciados | Consultar funcions gèniques, vincular gens en rutes, agrupar per ortologia | Gens, proteïnes, organismes, anotacions funcionals | Anotació genómica, anàlisis comparatiu, identificació de ortólogos |
| KEGG LIGAND | Conjunt de bases de senyes sobre composts químics i les seues reaccions | Estudiar metabòlits, reaccions, enzimes i composts bioactivos | Molècules menudes, reaccions, enzimes, fàrmacs | Estudie del metabolisme, interacció droga-enzima, ingenieria metabòlica |
| KEGG BRITE | Sistema de classificació jeràrquica funcional | Explorar relacions funcionals i categories jeràrquiques de gens, enzimes, fàrmacs i malalties | Arbres jeràrquics de funcions, rols, famílies, classes funcionals | Enriquiment funcional, categorisació biològica, anàlisis de sistemes |
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ Kanehisa M(1997).Trends Genet.13(9)
- 375–6.
- ↑ Kanehisa M, Goto S, Hattori M, Aoki-Kinoshita KF, Itoh M, Kawashima S et al.(2006).Nucleic Acids Res.34(Database issue)
- D354-7.doi:10.1093/nar/gkj102.
- ↑ Journal of Molecular Biology.428(4)
- 726–731.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/j.jmb.2015.11.006.Consultat el 2025-07-18.
- ↑ Nucleic Acids Research.28(1)
- 27–30.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/28.1.27.Consultat el 2025-07-18.
- ↑ «KEGG: Kyoto Encyclopedia of Gens and Genomes» (en en). www.genome.jp. Consultat el 2025-07-18.
- ↑ Kanehisa M, Goto S, Kawashima S, Okuno I, Hattori M(2004).Nucleic Acids Res.32(Database issue)
- D277-80.doi:10.1093/nar/gkh063.
- ↑ «KEGG: Kyoto Encyclopedia of Gens and Genomes» (en en). www.genome.jp. Consultat el 2025-07-14.
- ↑ Journal of Molecular Biology.428(4)
- 726–731.ISSN 0022-2836.doi:10.1016/j.jmb.2015.11.006.Consultat el 2025-07-14.
- ↑ Nucleic Acids Research.28(1)
- 27–30.ISSN 0305-1048.doi:10.1093/nar/28.1.27.Consultat el 2025-07-14.
- Este artícul conté una traducció derivada de «KEGG» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.