Direccionalidad

Un diagrama d'una molècula de furanosa (anell de sucre) en els àtoms de carbono etiquetats, usant la notació estàndar.

En biologia molecular i bioquímica, la direccionalidad es referix a l'orientació d'un sol filament o bri d'àcit nucleico. La convenció química de nomenar els àtoms de carbono en la pentosa dels nucleòtits numèricament li conferix els noms d'extrem 5' i extrem 3' (generalment pronunciats "extrem cinc prima" i "extrem tres prima", respectivament). La posició relativa d'estructures a lo llarc d'un filament d'àcit nucleico, inclosos els centres d'unió de gens i vàries proteïnes, usualment es denominen: upstream (lliteralment, contra corrent o riu dalt, és dir, "cap a 5'") si és cap a l'extrem 5', o downstream (lliteralment, riu avall, és dir, "cap a 3'").

L'importància d'usar esta convenció de noms residix en el fet de que els àcits nucleicos només poden sintetisar in viu en una direcció 5' a 3'; perque la polimerasa usada per a ensamblar nous filaments deu unir un nou nucleòtit al grup 3'-hidroxilo (-OH) a través d'un enllaç fosfodiéster. Per convenció, les seqüències de filaments simples d'ADN o ARN s'escriuen en direcció 5' a 3'.^{cita requerida}

Extrem 5'

L'extrem 5'- (pronunciat "cinc prima") designa l'extrem d'un bri de ADN o ARN que coincidix en el grup fosfat del quint carbono de la respectiva ribosa o desoxirribosa terminal. Un grup fosfat unit a l'extrem 5' permet la ligación de dos nucleòtits; per eixemple, l'enllaçat covalente del grup 5'-fosfat al 3'-hidròxil d'un atre nucleòtit, per a formar un enllaç fosfodiéster. El removiment del 5'-fosfat prevé la ligación. Per a previndre lligats indeseados de àcit nucleóticos (per eixemple la autoligación d'un vector plásmido en clonat de ADN), els biòlecs moleculars comunament remouen el 5'-fosfat en una fosfatasa.

Extrem 3'

Diagrama d'enllaços fosfodiéster (en un círcul) entre nucleòtits.

Este extrem d'un bri de ADN o ARN coincidix en el grup hidròxil del tercer carbono de la respectiva ribosa o desoxirribosa terminal.