Seqüenciació del genoma complet i del transcriptoma complet

La seqüenciació del genoma complet i del transcriptoma complet (WGTS, per les seues sigles en anglés: Whole Genome and Transcriptome Sequencing), també coneguda com a combinació de WGS (Whole Genome Sequencing) i RNA-seq (RNA-sequencing), és una tècnica de seqüenciació de nova generació que permet analisar de manera simultànea el genoma i el transcriptoma d'una cèlula o teixit.

La seqüenciació del genoma complet (WGS) consistix en determinar la seqüència completa de el ADN d'un organisme, incloent exones, intrones i regions intergénicas. Açò permet identificar mutacions puntuals, variants estructurals, alteracions en el número de còpies i firmes mutacionales associades a exposicions específiques.

La seqüenciació del transcriptoma complet (RNA-seq) analisa la totalitat de el ARN present en una mostra, proporcionant informació sobre l'expressió gènica, variants de splicing i transcritos fusionats.

Mentres que WGS reflectix l'informació genètica heretada i somàtica, RNA-seq permet evaluar l'activitat gènica i la regulació transcripcional en un moment determinat.

Fluix de treball

El procés de WGTS generalment inclou els següents passos:

1. Obtenció de mostres.
2. Extracció de ADN i ARN.
3. Preparació de biblioteques: fragmentació del material genètic, adició d'adaptadors i selecció de fragments.
4. Seqüenciació massiva per mig de plataformes de nova generació (NGS).
5. Anàlisis bioinformático: alineamiento de seqüències, identificació de variants i anàlisis d'expressió gènica.

Aplicacions

WGTS es pot amprar en diversos camps, sent un d'ells l'oncología i medicina de precisió:

• Diagnòstic oncològic: identificació del teixit d'orige en càncer d'orige primari desconegut (CUP).
• Identificació de mutacions accionables i firmes mutacionales que guien teràpies dirigides.
• Investigació biomèdica: estudi de la biologia tumoral i descobriment de biomarcadores.

En el context oncològic, WGTS presenta vàries ventages:

• Cobertura completa del genoma i transcriptoma, permetent un anàlisis integral de mutacions, alteracions estructurals i expressió gènica en tumors.
• Capacitat de detectar alteracions rares o complexes que podrien orientar teràpies dirigides.
• Integració d'informació diagnòstica i terapèutica en un sol anàlisis, millorant la personalisació del tractament en pacients en càncer.

No obstant, també té llimitacions en la seua aplicació clínica oncològica:

• Cost elevat i necessitat d'infraestructura especialisada en laboratoris clínics.
• Major temps de processament en comparació a panels genètics específics.
• Requerix bioinformática i experiència per a interpretar les senyes de manera fiable.
• La aplicabilidad clínica encara requerix validació prospectiva i estandardisació abans del seu us generalisat en oncología.