SCOP (base de senyes)

Archiu:Pdb 4p6i.tif

consepto

Base de senyes de classificació estructural de proteïnes (SCOP Structural Classification Of Protein) és una classificació en gran part manual de dominis estructurals de proteïnes basada en similituts de les seues estructures i seqüències d'aminoàcits. Un objectiu d'esta classificació és determinar la relació evolutiva entre proteïnes. Les proteïnes en les mateixes formes pero en poca seqüència o similitut funcional es coloquen en diferents superfamilias, i se supon que solament tenen un ancestro comú molt distant. Les proteïnes que tenen la mateixa forma i alguna similitut de seqüència i / o funció es coloquen en "famílies" i se supon que tenen un ancestro comú més propenc. Similar a les bases de senyes CATH i Pfam, SCOP proporciona una classificació de dominis estructurals individuals de proteïnes, en lloc d'una classificació de les proteïnes completes que poden incloure un número significatiu de dominis diferents. La base de senyes SCOP és de lliure accés en Internet. SCOP va ser creat en 1994 en el Centre d'Ingenieria de Proteïnes i el Laboratori de Biologia Molecular . Va estar mantinguda per Alexey G. Murzin i els seus colegues en el Centre d'Ingenieria de Proteïnes fins al seu tancament en 2010 i posteriorment en el Laboratori de Biologia Molecular en Cambridge, Anglaterra. El treball en SCOP 1.75 es va interrompre en 2014. Des de llavors, l'equip de SCOPe de UC Berkeley ha segut responsable d'actualisar la base de senyes de manera compatible, en una combinació de métodos automàtics i manuals. En abril de 2019, va ser l'última versió és SCOPe 2.07 (març de 2018). La nova base de senyes Structural Classification of Proteins versió 2 (SCOP2) es va llançar a principis de 2020. La nova actualisació incloïa un esquema de base de senyes millorat, una nova API i un interfaç web modernisada. Esta va ser l'actualisació més significativa del grup de Cambridge des de SCOP 1.75 i es basa en els alvanços en l'esquema del prototip SCOP 2.