Reactiu de Edman
La degradació de Edman, desenrollada per Pehr Edman en la década de 1950, és un método de seqüenciació d'aminoàcits en un péptido. En este método es derivatiza i separa el residu amino-terminal, lo que permet identificar la seua naturalea i obtindre el següent en el grup amino lliure, per a continuar en el següent cicle de reacció. Cada residu és consecutivament aïllat i derivatizado sense afectar als enllaços peptídicos entre els atres residus. Per a esta seqüenciació es requerix el reactiu de Edman, també denominat fenilisotiocianato o PITC.[1]
Mecanisme
[editar | editar còdic]En 1950, Pehr Victor Edman va descriure un método per a poder portar a terme la seqüenciació de péptidos per mig de l'us de fenilisotiocianato (PITC per les seues sigles en anglés).[2] El reactiu de Edman (fenilisotiocianato o PITC) reacciona en l'aminoàcit de l'extrem N-terminal d'un polipèptit en condicions alcalinas per a la formació de feniltricarbamilo (PITC), el producte obtingut es tracta en TFA la qual cosa talla el residu N-terminal i genera un derivat de tiazolinona, s'utilisa un solvent orgànic per a convertir la tiazolinona-aminoàcit al derivat de feniltiohidantoina (PTH) para despuix ser identificat per métodos cromatogràfics. El método de seqüenciació per degradació de Edman és utilisat en péptidos de 10 a 50 residus d'aminoàcits. No obstant, si s'utilisa per a la seqüenciació de proteïnes majors a 50 residus d'aminoàcits, la degradació ya no és eficaç per lo que la proteïna es deu fraccionar en segments més menuts per a que es puga portar a terme.
La reacció química de Edman és un procés cíclico que consta de tres passos.
- El reactiu de Edman o fenilisotiocianato (PITC) s'acopla al grup amino N-terminal lliure.
- El residu N-terminal es talla per mig de l'us d'àcit, deixant intacta el restant de la cadena peptídica en un nou extrem N-terminal susceptible d'iniciar un segon cicle.
- El derivat aminoacídico (anilinotiazolinona) format a partir de l'aminoàcit tallat és inestable i per això, s'introduïx en mig àcit per a convertir-se en el derivat PTH (feniltiohidantoina) estable. El restant de la cadena polipeptídica se somet a nous cicles de degradació de Edman per a obtindre la seqüència d'aminoàcits del restant de la proteïna.[3]
Actualment, l'anàlisis de cada u dels aminoàcits separats del péptido inicial pot realisar-se per mig d'cromatografía HPLC/MS[4] (cromatografía líquida d'alta resolució acoplada a l'espectrometria de masses) de fase inversa per hidrofobicidad (es comparen els temps de retenció dels diferents aminoàcits tallats en una mostra patró), per espectrometria de masses MALDI-TOF, o per anàlisis d'aminoàcits.[5]
No és possible secuenciar péptidos que el seu extrem N-terminal es trobe bloquejat (grup amino acetilado, formilado, etc). Al voltant del 50% de les proteïnes tenen l'extrem amino bloquejat, be per naturalea o per la seua preparació, en tampons en substàncies susceptibles de reaccionar en est: (cianato, àcit acrílic, acetilo, aldehit...). Una atra llimitació de la degradació de Edman és que el rendiment no és del 100% i per tant quan ya es duen fets molts cicles (més de 50 aminoàcits analisats) s'obtenen errors.
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ https://www.sigmaaldrich.com/ES/es/sds/aldrich/139742. Consultat el 23 de maig de 2023.
- ↑ «https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/j.1432-1033.1967.tb00047.x». Consultat el Consultat el 15 de març de 2023.
- ↑ «http://actachemscand.org/pdf/acta_vol_04_p0283-0293.pdf». Consultat el Consultat el 15 de març de 2023.
- ↑ «https://www.cib.csic.es/sites/default/files/inline-files/Generalitats.pdf». Consultat el Consultat el 31 de març de 2023.
- ↑ «https://digital.csic.és/bitstream/10261/23028/4/Granados_Carmen_4.pdf». Consultat el Consultat el 30 de març de 2023.
- Este artícul conté una traducció derivada de «Reactivo de Edman» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.