Point accepted mutation
El conjunt de matrius PAM, o Point Accepted Mutation (de l'anglés, mutació puntual acceptada), també Percent Accepted Mutation, i també matriu de senyes de mutació de Dayhoff o MD, és un conjunt de matrius de mutació de péptidos, o matrius de substitució, calculat per Margaret Dayhoff a finals dels anys 70 del passat sigle,[1] en lo que es convertiria en un treball determinant en el camp de la bioinformática. Cada matriu, quadrada i simètrica, és normalment d'un tamany de 20 per 20 (pels vint aminoàcits estàndar, encara que res impedix contemplar els restants i ampliar, en conseqüència, l'orde de la matriu).
El valor d'una determinada cela representa la provabilitat de la substitució d'un aminoàcit per un atre, coneguda com mutació puntual. ya que la matriu es calcula observant diferències en proteïnes molt propenques evolutivamente (en, a lo manco, un 85% de similitut), les substitucions en qüestió no tenen efecte sobre la funció de la proteïna, per lo que es tracta de mutacions acceptades (d'ahí el seu nom) en el procés evolutiu.[2]
Este tipo de matriu es coneix usualment com matriu de substitució, i s'usa en alineamientos de seqüències tant de parells com múltiples.
Hi ha diferents matrius PAM. PAM1 es va calcular considerant seqüències en una mutació puntual per cada cent aminoàcits.[1] En atres paraules, la matriu PAM1 estima el ritme de substitució esperat entre dos aminoàcits si el 1% dels aminoàcits canvien. Atres matrius PAM es deriven de la multiplicació de la PAM1 per sí mateixa, ya que s'assumix que mutacions repetides seguirien, sobre les seues provabilitats, el mateix patró que les establides en la matriu PAM1, aixina com que múltiples substitucions poden ocórrer al mateix temps. Les matrius derivades d'esta forma són, per lo tant, més adequades per a relacionar seqüències evolutivamente més lluntanes.[2] PAM250, per eixemple, és el resultat d'elevar a la 250 potència a PAM1, i és equivalent a 250 substitucions per cada cent aminoàcits. Este últim eixemple, en el que el número de substitucions és superior al d'aminoàcits, és ilustrativo sobre la necessària consideració de substitucions múltiples sobre un determinat aminoàcit (o sobre la seua situació en la seqüència) per a periodos suficientment llarcs.
Per lo anterior, és apreciable que Dayhoff va realisar un treball en un fort component teòric en assumir que es pot calcular una matriu per a seqüències divergents des d'una matriu per a seqüències cercanamente relacionades, elevant esta segona matriu a una determinada potència. No cal oblidar que en els anys de desenroll d'este treball el número de seqüències conegudes era relativament escàs, per lo que treballs posteriors en una més completa base empírica estan oferint als investigadors millors resultats (cas de les matrius BLOSUM).[3] Per una atra part, també s'ha utilisat la mateixa metodologia de Dayhoff en décades posteriors, pero aprofitant les grans bases de senyes de proteïnes actuals[4][5] (cas de les matrius JTT).
Les matrius PAM d'us més comú són les PAM30 i PAM70.[6]
Referències
[editar | editar còdic]- ↑ 1,0 1,1 Erro en la cita: L'element
<ref>no és vàlit; puix no n'hi ha una referència en text nomenadaAttwood2002 - ↑ 2,0 2,1 Erro en la cita: L'element
<ref>no és vàlit; puix no n'hi ha una referència en text nomenadaDayhoff1978 - ↑ Erro en la cita: L'element
<ref>no és vàlit; puix no n'hi ha una referència en text nomenadaKorf2003 - ↑ Gonnet GH, Cohen MA, Benner SA(1992).256
- 1443-1445.
- ↑ Jones DT, Taylor WR, Thornton JM(1992).8
- 275-282.
- ↑ Encyclopedia of Bioinformatics and Computational Biology: ABC of Bioinformatics; Elsevier, 2018. pág 28
- Este artícul conté una traducció derivada de «Point accepted mutation» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.