Open Biomedical Ontologies

Open Biomedical Ontologies o Open Biological and Biomedical Ontology (OBO abreviada, anteriorment Open Biological Ontologies) és un esforç per a crear llenguages de indización per al seu us compartit a través de diferents dominis biològics i meges. A partir de 2006, OBO forma partix dels recursos del National Center for Biomedical Ontology a on formarà un element central de BioPortal de el NCBO. El consorci OBO Foundry construïx i manté ontologia OBO.

OBO Foundry

La biblioteca OBO Ontologia forma la base de l'OBO Foundry, un experiment de colaboració entre un grup de desenrolladors de ontologia que han acordat en antelació a l'adopció d'un conjunt cada volta major dels principis que especifiquen les millors pràctiques en el desenroll de l'ontologia. Estos principis estan dissenyats per a fomentar l'interoperabilidad de les ontologia en el marc OBO més àmplia i també per a assegurar una millora gradual de la calitat i el rigor formal en ontologia. La biblioteca funciona per a dissenyar maneres de satisfer les creixents necessitats de senyes i l'integració de l'informació en l'àmbit biomèdic.

Proyectes relacionats

Ontology Lookup Service

El Servici de Busca d'Ontologia és un spin-off del proyecte PRIDE, que requerix un interfaç de consulta centralisat per a l'ontologia i la busca d'un vocabulari controlat. Si ben moltes de les ontologia consultables pels OLS estan disponibles en llínea, cada u té el seu propi format d'interfaç de consulta i d'eixida. El OLS proporciona un interfaç de servicis web per a consultar múltiples ontologia des d'una única ubicació en un format d'eixida unificat.

Gene Ontology Consortium

L'objectiu de l'Ontologia Gènica (GO) és produir un vocabulari controlat que pot ser aplicat a tots els organismes, com el coneiximent de les funcions de gens i proteïnes en les cèlules està acumulant i canviant. GO oferix tres rets estructurades de térmens definits per a descriure els atributs del producte gen.

Sequence Ontology

La seqüència d'Ontologia (SO) és una part del proyecte d'ontologia de gens i l'objectiu és desenrollar una ontologia adequada per a descriure seqüències biològiques. Es tracta d'un esforç conjunt de centres d'anotació del genoma, incloent WormBase, la Berkeley Drosophila Genome Project, FlyBase, el grup del genoma de la rata Informàtica i l'Institut Sanger.

Generic Model Organism Databases

El Generic Model Organism Database (GMOD) és un esforç conjunt del sistema de bases de senyes d'organisme modele WormBase, FlyBase, Mouse Genome Informatics, dólar de Singapur, Gramene, Rat Genome Database, EcoCyc i The Arabidopsis Information Resource per a desenrollar components reutilisables adequats per a la creació de noves bases de senyes de la comunitat de la biologia.

Standards and Ontologies for Functional Genomics

SOFG és al mateix temps una reunió i un lloc web; que pretén reunir a biòlecs, bioinformáticos, i informàtics que estan desenrollant i utilisant normes i ontologia, en émfasis en la descripció d'alt rendiment genómica funcional experiments.

FGED

La FGED Society és una organisació internacional de biòlecs, informàtics, i els analistes de senyes que té com a objectiu facilitar l'intercanvi de senyes de microarrays generats per experiments de genómica funcional.

Ontology for Biomedical Investigations

l'Ontology for Biomedical Investigations (OBI) és un accés obert, l'ontologia integrada per a la descripció de les investigacions biològiques i clíniques. OBI proporciona un model per al disseny d'una investigació, els protocols i els instruments utilisats, els materials utilisats, les senyes generades i el tipo d'anàlisis realisats sobre el mateix. El proyecte està sent desenrollat com a part de la OBO Foundry i, com a tal, s'adherix a tots els principis en ella com la cobertura ortogonal (és dir, una clara delimitació d'atres ontologia membre de fundició) i l'us d'un llenguage formal comú. En OBI el llenguage formal comú utilisat és el Llenguage de Ontologia Web (OWL).

Plant ontology

El Plant Ontology Consortium (POC) té com a objectiu desenrollar, curar i compartir vocabularis controlats estructurats (ontologia) que descriuen les estructures de plantes i de creiximent / etapes de desenroll. A través d'este esforç, el proyecte té com a objectiu facilitar la consulta de bases de senyes en profunditat per a fomentar l'us constant d'estos vocabularis en l'anotació dels teixits i / o etapa de creiximent específics d'expressió dels gens, les proteïnes i els fenotips.

Phenoscape

Phenoscape és un proyecte per a desenrollar una base de senyes de les senyes fenotípicos per a les espècies en tot el Ostariophysi, un grup gran de peixos teleósteos. Les senyes es varen capturar utilisant anotacions que combinen térmens d'una ontologia d'Anatomia, un acompanyant Taxonomic Ontology i térmens de calitat de la PATO ontology of phenotype qualities. També s'utilisen vàries atres ontologia OBO. L'ontologia anatomia va ser desenrollat de l'ontologia de l'anatomia del peix zebra desenrollat per la Zebrafish Information Network.