Binning (metagenómica)

En metagenómica, el binning , és el procés computacional d'agrupar els fragments de ADN ensamblados contigs que provenen d'una mateixa població microbiana dins d'una mostra ambiental. Cada “bin” resultant correspon a un borrador de genoma (draft genome), que despuix de refinament es denomina MAG (Metagenome‑Assembled Genome). Els métodos de binning poden basar-se en característiques de la seqüència compositiva (com el contingut de GC o les freqüències de tetranucleótidos) o en la cobertura del mapage de llectures de seqüències en les mostres, o en abdós.

Introducció

Les mostres metagenómicas generalment consistixen en senyes de seqüenciació de molts organismes no relacionats, ya que estan compostes per el ADN de tota la comunitat de microorganismes continguts en una mostra ambiental. Per eixemple, en un sol gram de sol pot haver fins a 18.000 tipos diferents d'organismes, cada u en el seu propi genoma.

Els conjunts metagenómicos solen estar fragmentats en forma de molts contigs, especialment en conjunts de llectura curta a on les repeticions i els elements integradors poden ser difícils de resoldre. Per lo tant, la classificació ocorre despuix de l'ensamblage metagenómico i representa l'esforç per associar els contigs fragmentats en un genoma d'orige, denominat Genoma Ensamblado de Metagenoma (MAG). La taxonomia dels MAG es pot inferir després a través de l'ubicació en un arbre filogenético de referència utilisant algoritmes com GTDB -Tk.

MAG (Metagenome‑Assembled Genome)

Un MAG és el genoma complet d'un microorganisme que es reconstruïx directament a partir de fragments de ADN obtinguts de mostres ambientals per eixemple, aigua, sol o l'intestí, usant métodos de seqüenciació massiva i ensamblage computacional, sense necessitat de cultivar el microbi en el laboratori. Açò permet descobrir i estudiar organismes que no poden créixer en condicions de cultiu tradicionals.