ATAC-seq
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing en anglés) és una tècnica epigenómica que servix per a determinar l'accessibilitat de la cromatina en un genoma.[1] Requerix un número de cèlules baix i és més ràpida i fàcil d'aplicar que atres tècniques anteriors com DNase-seq o MNase-seq[2] es pot combinar en inmunoprecipitación de cromatina acoplada a seqüenciació profunda (CHIP-seq) i seqüenciació d'àcit ribonucleico (RNA-seq) per a proporcionar una descripció detallada de l'expressió gènica. Un dels enfocaments principals en l'investigació de ATAC-seq és l'identificació de l'estructura i accessibilitat de la cromatina i els canvis epigenéticos que estan estretament relacionats en l'aparició i el desenroll del càncer i atres malalties. [3]
Transposasa Tn5 en ATAC-seq
La seua estructura comprén una seqüència central que codifica tres antibiòtics (neomicina, bleomicina i estreptomicina) i dos seqüències IS50 (IS50L, IS50R) invertides de 17bp en un mecanisme d'escissió complex que requerix un dímer de Tn5 per a tindre funció.[4] Presenta una funció de “tallar i pegar” utilisada en l'investigació genómica: les Tn5 poden insertar aleatoriamente adaptadors/còdics de barres en el ADN i les molècules de ADN resultants passen per un procés d'amplificament i seqüenciació per PCR. [3]
Metodologia
ATAC-seq comprén una tecnologia epigenética innovadora que és un método per a mapear la cromatina accessible al [5]carregar una transposasa Tn5 hiperactiva en adaptadors per a la seqüenciació de DNA agregades artificialment. El transposón de ADN és un fenomen de transferència de la seqüència de ADN d'una regió del cromosoma a una atra assistit per la transposasa del ADN; esta requerix que la cromatina en el lloc d'inserció estiga oberta. En la tècnica s'ampra Tn5 i la seua activitat transposasa per a fragmentar i integrar estos adaptadors en les regions de la cromatina que siguen accessibles, mentres que a penes es modificaran les regions condensadas per un impediment estérico; el resultat són millons de fragments de ADN que ,despuix de l'inserció, es construïxen les biblioteques per a seqüenciació dels fragments. [1][6]
La construcció de biblioteques ATAC-seq es basa en 3 passos: preparació de núcleus, transposició i amplificament. Les cèlules se suspenen en cèlules individuals intactes i homogénees, es incuban en tampó de lisis per a generar núcleus crus que són resuspendidos i incubados en la mescla per a la reacció en la transposasa per a fragmentar el ADN, el ADN expost resultant s'amplifica per a generar biblioteques de seqüenciació. El control de calitat de la biblioteca de ATAC-seq es fa previ a la seqüenciació per a assegurar que la concentració de la biblioteca alcança els criteris de seqüenciació. Posteriorment, es recopilen les llectures sense processar i es filtren les senyes per mig de l'evaluació de la calitat de les senyes de seqüenciació de manera que s'obtinguen llectures netes i el resum de la producció de senyes. Despuix d'eliminar les seqüències adaptadoras i les llectures de baixa calitat, es processen les llectures d'aproximadament 150 nucleòtits de llongitut per al seu anàlisis. [5]
Referències
- ↑ 1,0 1,1 Buenrostro, Jason D; Giresi, Paul G; Zaba, Lisa C; Chang, Howard I(2013-12).«Transposition of native chromatin for fast and sensitive epigenomic profiling of open chromatin, DNA-binding proteins and nucleosome position».Nature Methods.10(12): 1213–1218.ISSN 1548-7091.doi:10.1038/nmeth.2688.Consultat el 2024-01-31.(en en)
- ↑ Grandi, Fiorella C.; Modi, Hailey; Kampman, Lucas; Corces, M. Ryan(2022-06).«Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq».Nature Protocols.17(6): 1518–1552.ISSN 1754-2189.doi:10.1038/s41596-022-00692-9.Consultat el 2024-01-31.(en en)
- ↑ 3,0 3,1 Luo, Liheng; Gribskov, Michael; Wang, Sufang(2022-03-07).«Bibliometric review of ATAC-Seq and its application in gene expression».Briefings in Bioinformatics.23(3)ISSN 1467-5463.doi:10.1093/bib/bbac061.Consultat el 2024-12-08.
- ↑ Li, Zhijian; Schulz, Marcel H.; Look, Thomas; Begemann, Matthias(2019-02-26).«Identification of transcription factor binding sites using ATAC-seq».Genome Biology.20(1): 45.ISSN 1474-760X.doi:10.1186/s13059-019-1642-2.Consultat el 2024-12-23.
- ↑ 5,0 5,1 Sun, Yuanyuan; Miao, Nan; Sun, Tao(2019-08-15).«Detect accessible chromatin using ATAC-sequencing, from principle to applications».Hereditas.156(1): 29.ISSN 1601-5223.doi:10.1186/s41065-019-0105-9.Consultat el 2024-12-23.
- ↑ Montefiori, Lindsey; Hernandez, Liana; Zhang, Zijie; Gilad, Yoav(2017-05-26).«Reducing mitochondrial reads in ATAC-seq using CRISPR/Cas9».Scientific Reports.7(1): 2451.ISSN 2045-2322.doi:10.1038/s41598-017-02547-w.Consultat el 2024-12-23.(en en)
- Este artícul conté una traducció derivada de «ATAC-seq» de Wikipedia en castellà publicada baix la Llicència de documentació lliure de GNU i la Llicència Creative Commons Reconeiximent-CompartirIgual 4.0 Internacional.