Penalisació per espai

La penalisació per espai és un método per a puntuar alineamientos de dos o més seqüències. En realisar un alineamiento entre seqüències, l'introducció d'espais en les seqüències pot permetre als algoritmes trobar coincidències en més térmens que en un alineamiento sense espais. No obstant, minimisar la cantitat d'espais en un alineamiento és important per a que el alineamiento siga útil. Massa espais poden provocar que un alineamiento perga sentit. Les penalisacions per espais s'utilisen per a ajustar els puntajes de alineamiento en funció de la cantitat i la llongitut dels espais. Els cinc tipos principals de penalisacions per espai són: constants, llineals, afins, convexas i basades en perfils.

Aplicacions

• Alineamiento de seqüències genètiques: en bioinformática, els espais s'utilisen per a donar conte de les mutacions genètiques que ocorren a partir d'insercions o deleciones en la seqüència, comunament denominades indels. Les insercions o deleciones poden ocórrer per mutacions individuals, creuament desequilibrat en la meiosis, apareamiento erròneu de bri esgolats i translocación cromosòmica. La noció d'un espai en un alineamiento és important en moltes aplicacions biològiques, ya que les insercions o deleciones afecten una sub-seqüència sancera i a sovint ocorren a partir d'un únic event mutacional. Ademés, els events mutacionales individuals poden crear espais de diferents tamanys. Per lo tant, en puntuar alineamientos, els espais deuen puntuar com un bloc quan s'alinea dos seqüències de ADN. Considerar múltiples espais consecutius en una seqüència com un sol bloc més gran reduirà l'assignació d'un alt cost a les mutacions. [PENDING FROM HERE] Per eixemple, dos seqüències de proteïnes poden ser relativament similars pero diferir en certs intervals ya que una proteïna pot tindre una subunidad diferent a l'atra. Representar estes subsecuencias diferents com a espais nos permetrà tractar estos casos com a “bones coincidències” aun cuando hi haja llargues eixecucions consecutives en operacions de indel en la seqüència. Per lo tant, l'us d'un bon model de penalisació per brecha evitarà puntuacions baixes en les alliniacions i millorarà les possibilitats de trobar una alliniació verdadera. En les alliniacions de seqüències genètiques, els espais es representen com a guions (-) en una alliniació de seqüència de proteïna/ADN.
• Funció diff d'Unix : calcula la diferència mínima entre dos archius de forma similar a la detecció de plagi.
• Correcció ortogràfica : les penalisacions per espais en blanc poden ajudar a trobar paraules escrites correctament en la distància d'edició més curta fins a una paraula mal escrita. Els espais poden indicar una lletra faltante en la paraula escrita incorrectament.
• Detecció de plagi : les penalisacions per espais permeten que els algoritmes detecten on s'han plagiat seccions d'un document colocant espais en les seccions originals i fent coincidir lo que és idèntic. La penalisació per brecha per a un determinat document quantifica quànt d'un document donat és provablement original o plagiat.